Hasil perikanan merupakan produk yang mudah mengalami kebusukan, sehingga diperlukan teknik penanganan yang cermat dan tepat untuk mempertahankan mutunya. Penelitian ini bertujuan untuk membuktikan dampak penanganan ikan layang yang dijual di pasar. Ikan layang diambil secara acak di Pasar Arumbae dan Pasar Batu Merah Kota Ambon dua kali dalam sehari yakni pada waktu pagi dan waktu sore hari. Teknik penanganan ikan diamati pada saat distribusi dan penanganan di pasar yang meliputi pembersihan, penyimpanan, peletakan ikan serta pemberian es. Jumlah cemaran mikroba pada sampel dihitung menggunakan metode total plate count (TPC). Hasil penelitian menunjukkan bahwa jumlah cemaran mikroba pada ikan yang diambil pada pagi hari lebih rendah dibandingkan pada ikan yang diambil pada sore hari. Teknik penanganan dan penjajakan ikan layang yang diterapkan oleh para pedagang di Pasar Arumbae dan Batu Merah belum diterapkan dengan baik dan belum memperhatikan sistem rantai dingin, sanitasi air, dan tempat penyimpanan ikan selama penjualan. Jumlah cemaran mikroba pada ikan layang segar di Pasar Arumbae dan Pasar Batu Merah pada pagi hari yakni 1,2x10⁴-2,6x104 CFU/g dan 1,5x104-2,6x104 CFU/g sedangkan pada sore hari yaitu 2,4x10⁴-5,0x105 CFU/g dan 4,9x104-4,6x105 CFU/g. Jumlah mikroba pada ikan layang segar di pasar tradisional Kota Ambon masih sesuai standar mutu mikrobiologi ikan segar yaitu maksimal 5x10⁵ CFU/g.