Fast and novel botanical exploration of a 320-km transect in eastern Amazonia using DNA barcoding

Milliken, William; Odonne, Guillaume; Engel, Julien; Le Tourneau, François-Michel; Suescun, Uxue; Chave, Jérôme; Royal Botanic Gardens [Kew]; Laboratoire Ecologie, Evolution, Interactions des Systèmes amazoniens  ; Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer -Université de Guyane -Centre National de la Recherche Scientifique; Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations  ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement -Centre National de la Recherche Scientifique -Institut de Recherche pour le Développement -Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement -Université de Montpellier; Pôle de recherche pour l'organisation et la diffusion de l'information géographique  ; Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne -Institut de Recherche pour le Développement -AgroParisTech-Sorbonne Université -Centre National de la Recherche Scientifique -Université Paris Cité; Evolution et Diversité Biologique  ; Institut de Recherche pour le Développement -Université Toulouse III - Paul Sabatier  ; Université de Toulouse -Université de Toulouse -Centre National de la Recherche Scientifique

Fast and novel botanical exploration of a 320-km transect in eastern Amazonia using DNA barcoding

2022

Milliken, William | Odonne, Guillaume | Engel, Julien | Le Tourneau, François-Michel | Suescun, Uxue | Chave, Jérôme | Royal Botanic Gardens [Kew] | Laboratoire Ecologie, Evolution, Interactions des Systèmes amazoniens (LEEISA) ; Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Guyane (UG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Montpellier (UM) | Pôle de recherche pour l'organisation et la diffusion de l'information géographique (PRODIG (UMR_8586 / UMR_D_215 / UM_115)) ; Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-AgroParisTech-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité) | Evolution et Diversité Biologique (EDB) ; Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

International audience

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إنجليزي. We explored a 320-km transect in the Tumucumaque mountain range along the border between southern French Guiana and Brazil, sampling all trees and lianas with DBH ≥ 10 cm in seven 25 x 25-m plots installed near seven boundary milestones. We isolated DNA from cambium tissue and sequenced two DNA barcodes (rbcLa and matK) to aid in species identification. We also collected fertile herbarium specimens from other species (trees/shrubs/herbs) inside and outside the plots. The selected DNA barcodes were useful at the family level but failed to identify specimens at the species level. Based on DNA barcoding identification, the most abundant families in the plots were Burseraceae, Fabaceae, Meliaceae, Moraceae, Myristicaceae and Sapotaceae. One third of the images of sampled plants posted on the iNaturalist website were identified by the community to species level. New approaches, including the sequencing of the ITS region and fast evolving DNA plastid regions, remain to be tested for their utility in the identification of specimens at lower taxonomic levels in floristic inventories in the Amazon region.

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