Evaluación y comparación del ADN extraído de especímenes vegetales provenientes de diferentes zonas de vida de Colombia | Evaluation and comparison of DNA extracted from plant specimens from different life zones of Colombia

La recolección de tejidos para la extracción de ADN se ha convertido en una práctica común cuando se hacen colecciones botánicas. Sin embargo, poco se conoce de la posible degradación que sufre el ADN desde el momento de la colección del espécimen botánico, hasta la toma del tejido para someterlo a un proceso de deshidratación rápida, tiempo que puede variar desde unos pocos minutos, si se hace de manera inmediata, hasta alrededor de 12 horas, cuando se monta el espécimen en papel periódico. Teniendo en cuenta que los bancos de tejidos para la extracción de ADN deben preservarlos a perpetuidad, es importante que las prácticas que usemos actualmente sean adecuadas para garantizar ADN de calidad y pureza óptimas. Con el objeto de evaluar si la concentración y pureza del ADN extraído de los tejidos varía con la altitud, precipitación y temperatura de la zona de colección, se evaluó el ADN extraído de 3.356 especímenes vegetales provenientes de 18 parcelas permanentes ubicadas en siete zonas de vida, en diez departamentos de Colombia. El estudio correlacionó factores climáticos tales como la precipitación, temperatura y altitud, con la concentración y pureza del ADN obtenido. Al comparar la concentración del ADN proveniente de diferentes zonas de vida se evidenció que las mayores concentraciones se obtuvieron en muestras de las parcelas ubicadas en las zonas de vida Bosque húmedo montano y Bosque húmedo premontano. Del mismo modo, la concentración obtenida de tejidos provenientes de las zonas de vida Bosque húmedo montano, Bosque húmedo premontano y Bosque seco Tropical, presentaron diferencias significativas con aquellas del Bosque húmedo y Bosque muy húmedo Tropical. Del mismo modo, se encontró que a mayor altitud (msnm), se logró obtener una mayor concentración de ADN, mientras que, en aquellas zonas con mayores valores de precipitación y temperatura, se obtuvieron menores concentraciones. En cuanto a la pureza, en la mayoría de las extracciones realizadas se obtuvo ADN de muy baja pureza, y aunque se encontró una tendencia a encontrar mayor pureza del ADN en muestras provenientes del Bosque húmedo montano y Bosque húmedo premontano, así como una correlación positiva con la altitud, los estadísticos usados no descartan el azar como la principal causa de las diferencias de valores de pureza en las muestras estudiadas. Con base en los resultados podemos concluir que la práctica de colectar los tejidos para la extracción de ADN horas después de colectado el espécimen, se puede realizar en zonas de Bosque húmedo montano y premontano sin afectar la calidad del ADN, pero que en las otras zonas de vida estudiadas (bmh-MB, bh-T, bmh-T, bs-PM y bs-T), se debe colectar el tejido en el campo, de manera simultánea con la colección del espécimen botánico

Tissue collection for DNA extraction has become a common practice when making botanical collections. However, little is known about the possible degradation that DNA undergoes from the moment of collection of the botanical specimen until the tissue is taken to subject it to a rapid dehydration process, a time that can vary from a few minutes, if done immediately, up to about 12 hours, when the specimen is mounted on newsprint. Considering that tissue banks for DNA extraction must preserve them in perpetuity, it is important that the practices we use today are adequate to ensure DNA of optimal quality and purity. In order to evaluate whether the concentration and purity of the DNA extracted from the tissues vary with the altitude, precipitation, and temperature of the collection area, the DNA extracted from 3,356 plant specimens from 18 permanent plots located in seven life zones was evaluated. , in ten departments of Colombia. The study correlated climatic factors such as precipitation, temperature, and altitude, with the concentration and purity of the DNA obtained. When comparing the concentration of DNA from different life zones, it was shown that the highest concentrations were obtained in samples from the plots located in the Humid Montane Forest and Humid Premontane Forest life zones. Likewise, the concentration obtained from tissues from the Moist Montane Forest, Premontane Moist Forest, and Tropical Dry Forest life zones showed significant differences from those of the Moist Forest and Very Humid Tropical Forest. In the same way, it was found that at higher altitudes (masl), a higher concentration of DNA was obtained, while in those areas with higher values ​​of precipitation and temperature, lower concentrations were obtained. Regarding purity, in most of the extractions carried out DNA of very low purity was obtained, and although a tendency was found to find higher DNA purity in samples from the Humid Montane Forest and Premontane Humid Forest, as well as a positive correlation with altitude, the statistics used do not rule out chance as the main cause of the differences in purity values ​​in the samples studied. Based on the results, we can conclude that the practice of collecting tissues for DNA extraction hours after the specimen has been collected can be carried out in areas of the montane and premontane humid forests without affecting the quality of the DNA, but in the other areas of life studied (bmh-MB, bh-T, bmh-T, bs-PM, and bs-T), the tissue must be collected in the field, simultaneously with the collection of the botanical specimen.

Proyecto BRAVO