Maladies émergentes en santé animale : diversité génétique et dispersion d'une espèce de moucheron vectrice des virus de la fièvre catarrhale ovine et de Schmallenberg en région paléarctique, Culicoides obsoletus (Diptera : Ceratopogonidae)

Depuis 2006, des épizooties importantes de fièvre catarrhale ovine et de virus (FCO) de Schmallenberg (SB) sont observées dans la région ouest paléarctique, ces deux virus étant transmis par des moucherons hématophages autochtones du genre Culicoides (Diptera : Ceratopogonidae). Ces virus affectent les bovins, les ovins, les caprins et les ruminants sauvages. La dispersion des Culicoides correspond à ce que les écologues appellent dispersion stratifiée ou " stratified dispersal ". Elle résulte de la combinaison de dispersion active de proche en proche, sur de courtes distances, et de sauts sur de longues distances via le vent de manière passive ou semi-passive, permettant des sauts de dispersion de plusieurs centaines de kilomètres. Culicoides obsoletus est une espèce vectrice importante pour les virus de la FCO et de SB et abondante en région paléarctique. Si la dispersion des Culicoides par le vent au-dessus des masses d'eaux est bien établie, il est aussi important d'évaluer la dispersion au-dessus des terres et de déterminer l'influence des facteurs biotiques et abiotiques influant sur celle-ci. L'objectif de ce travail de thèse est de déterminer, par l'observation des patrons de distribution des fréquences alléliques, comment la dispersion a pu façonner l'arrangement spatial de la diversité génétique et comment elle est influencée par les paysages et par les caractéristiques des habitats qui peuvent favoriser ou limiter les mouvements des Culicoides. Pour cela, deux plans d'échantillonnage ont été utilisés : un échantillonnage populationnel à l'échelle de l'Europe (de la Scandinavie aux îles Canaries, à la Turquie), et un échantillonnage individuel à l'échelle française. L'utilisation complémentaire de marqueurs mitochondriaux et nucléaires à ses différentes échelles spatiales nous ont permis (i) de clarifier la distribution et de réviser le schéma taxonomique du Complexe Obsoletus/Scoticus, (ii) de mettre en évidence des flux de gènes importants permettant d'homogénéiser la structure génétique des populations à l'échelle d'un pays et d'un continent, (iii) de quantifier l'impact d'un large éventail de facteurs environnementaux et météorologiques sur la dispersion des Culicoides et de mettre en évidence l'importance de la densité d'hôtes, (iv) et de proposer un scénario présentant l'histoire évolutive récente des populations européennes de C. obsoletus. L'hypothèse retenue est une recolonisation post-glaciaire récente depuis le refuge glaciaire des Balkans et un refuge plus au nord-est. Ces populations auraient recolonisé ensemble l'ouest de l'Europe, engendrant une admixture des populations. Nos résultats démontrent une capacité de dispersion de C. obsoletus à l'intérieur des terres très importante, qui doit être prise en compte pour les travaux à venir sur la compétence des vecteurs et la modélisation épidémiologique de la transmission des virus transmis.