fst4pg: Genetic Distance Segmentation for Population Genetics
2024
Mary-Huard, Tristan | Rigaill, Guillem | Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon) ; AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA Paris-Saclay) ; AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)) ; Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Laboratoire de Mathématiques et Modélisation d'Evry (LaMME) ; Ecole Nationale Supérieure d'Informatique pour l'Industrie et l'Entreprise (ENSIIE)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Provides efficient methods to compute local and genome wide genetic distances (corresponding to the so called Hudson Fst parameters) through moment method, perform chromosome segmentation into homogeneous Fst genomic regions, and selection sweep detection for multi-population comparison. When multiple profile segmentation is required, the procedure can be parallelized using the future package.
اظهر المزيد [+] اقل [-]المعلومات البيبليوغرافية
تم تزويد هذا السجل من قبل Institut national de la recherche agronomique
