Validación del protocolo AFLP para Caracterización Molecular y Análisis de Diversidad Genética en Dipteryx panamensis (Pitt.) (Fabaceae)

Proyecto de Graduación (Bachillerato en Ingeniería en Biotecnología) Instituto Tecnológico de Costa Rica, Escuela de Biología, 2010.

Molecular markers are useful tool to support selection criteria in breeding programs. Before applying in molecular characterization of individuals, protocol requires a standardization process. Therefore, this study aims to validate AFLP method for use in conservation and breeding activities in Dipteryx panamensis (tonka bean tree). Two main groups selected from progeny in natural population of D.panamensis in Zona Norte of Costa Rica were sampled. Individuals related were grouped in families. Six AFLP primer combinations were selected (E-AC/M-CTG, E-AAT/M-CTG, E-ACA/M-CTG, E-ACC/M-CTG, E-AGC/M-CTG y E-ATC/M-CTG), and a total of 242 loci were analyzed. In average, each family presented a Nei’s diversity index of 0,120 and 33% PLP, and Family 1 was the most diverse group. AMOVA analysis indicated the main genetic variation was among individuals (69%). Based on Nei’s genetic distances (1978) UPGMA, NJ and PCA cluster analysis have been realized. AFLP data were used to construct dendrograms among and within families, and to meet kinship relations. In conclusion, use of AFLP protocol in Dipteryx panamensis, allowed reliable results genetic diversity and distance, and can applied in future research

Los marcadores moleculares son una herramienta muy útil para apoyar los criterios de selección de material en programas de mejoramiento genético. Previo a su aplicación, es necesario estandarizar los protocolos de caracterización molecular de individuos. Por lo tanto, el presente estudio tuvo por objetivo validar la metodología AFLP para su uso en conservación y mejoramiento genético de Dipteryx panamensis (almendro amarillo). Se trabajó con dos grupos de árboles seleccionados provenientes de progenies de poblaciones naturales de D. panamensis ubicadas en la Zona Norte de Costa Rica, cuyos individuos emparentados se agruparon por familia. Seis combinaciones de imprimadores AFLP fueron seleccionadas (E-AC/M-CTG, E-AAT/M-CTG, E-ACA/M-CTG, E-ACC/M-CTG, E-AGC/M-CTG y EATC/M-CTG) las cuales permitieron el análisis de 242 loci. En promedio, para cada familia se observó un índice de diversidad de Nei de 0,120 y PLP de 33%, siendo la Familia 1 el grupo más diverso. El análisis AMOVA mostró que la varianza genética se distribuye en mayor proporción a nivel de individuos (69%). Basados en las distancias genéticas de Nei (1978), se realizaron análisis de agrupamiento NJ, UPGMA y PCA. Lo anterior permitió visualizar conjuntos de individuos con mayor cercanía genética entre sí y reconstruir por tanto las relaciones de parentesco dentro y entre familias. Esto garantiza que la implementación del protocolo AFLP en Dipteryx panamensis permite obtener resultados fiables respecto a la diversidad y similitud genética y puede ser aplicado en estudios posteriores.

Instituto Tecnológico de Costa Rica

Universidad de Costa Rica (UCR), Instituto Tecnológico de Costa Rica (ITCR), Universidad Estatal a Distancia (UNED), Fondo Estatal de Educación Superior (FEES)