Major soluble proteome changes in Deinococcus deserti over the earliest stages following gamma-ray irradiation
2013
Dedieu, Alain | Sahinovic, Elodie | Guerin, Philippe | Blanchard, Laurence | Fochesato, Sylvain | Meunier, Bruno | de Groot, Arjan | Armengaud, J. | Centre de Biochimie Structurale [Montpellier] (CBS) ; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | LECEMO - Les Cultures de l'Europe Méditérranéenne Occidentale - EA 3979 (LECEMO) ; Université Sorbonne Nouvelle - Paris 3 | Biologie végétale et microbiologie environnementale - UMR7265 (BVME) ; Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB) (BIAM) ; Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) | Laboratoire d'Ecologie Microbienne de la Rhizosphère et d'Environnements Extrêmes (LEMIRE) ; Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB) (BIAM) ; Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) | Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS) | Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic (LI2D) ; Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI) ; Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS) ; Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS) ; Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
International audience
اظهر المزيد [+] اقل [-]إنجليزي. Background: Deinococcus deserti VCD115 has been isolated from Sahara surface sand. This radiotolerant bacterium represents an experimental model of choice to understand adaptation to harsh conditions encountered in hot arid deserts. We analysed the soluble proteome dynamics in this environmentally relevant model after exposure to 3 kGy gamma radiation, a non-lethal dose that generates massive DNA damages. For this, cells were harvested at different time lapses after irradiation and their soluble proteome contents have been analysed by 2-DE and mass spectrometry. Results: In the first stage of the time course we observed accumulation of DNA damage response protein DdrB (that shows the highest fold change similar to 11), SSB, and two different RecA proteins (RecA(P) and RecA(C)). Induction of DNA repair protein PprA, DNA damage response protein DdrD and the two gyrase subunits (GyrA and GyrB) was also detected. A response regulator of the SarP family, a type II site-specific deoxyribonuclease and a putative N-acetyltransferase are three new proteins found to be induced. In a more delayed stage, we observed accumulation of several proteins related to central metabolism and protein turn-over, as well as helicase UvrD and novel forms of both gyrase subunits differing in terms of isoelectric point and molecular weight. Conclusions: Post-translational modifications of GyrA (N-terminal methionine removal and acetylation) have been evidenced and their significance discussed. We found that the Deide_02842 restriction enzyme, which is specifically found in D. deserti, is a new potential member of the radiation/desiccation response regulon, highlighting the specificities of D. deserti compared to the D. radiodurans model.
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