A beginner’s guide for FMDV quasispecies analysis: sub-consensus variant detection and haplotype reconstruction using next-generation sequencing

Deep sequencing of viral genomes is a powerful tool to study RNA virus complexity. However, the analysis of next-generation sequencing data might be challenging for researchers who have never approached the study of viral quasispecies by this methodology. In this work we present a suitable and affordable guide to explore the sub-consensus variability and to reconstruct viral quasispecies from Illumina sequencing data. The guide includes a complete analysis pipeline along with user-friendly descriptions of software and file formats. In addition, we assessed the feasibility of the workflow proposed by analyzing a set of foot-and-mouth disease viruses (FMDV) with different degrees of variability. This guide introduces the analysis of quasispecies of FMDV and other viruses through this kind of approach.

Instituto de Biotecnología

Fil: Cacciabue, Marco Polo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Biotecnología; Argentina

Fil: Cacciabue, Marco Polo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina

Fil: Cacciabue, Marco Polo. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentina

Fil: Curra, Anabella Paola. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Biotecnología; Argentina

Fil: Curra, Anabella Paola. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina

Fil: Curra, Anabella Paola. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentina

Fil: Carrillo, Elisa Cristina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Biotecnología; Argentina

Fil: Carrillo, Elisa Cristina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina

Fil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Biotecnología; Argentina

Fil: Konig, Guido Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina

Fil: Gismondi, Maria Ines. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Biotecnología; Argentina

Fil: Gismondi, Maria Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina

Fil: Gismondi, Maria Ines. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentina