Evaluation of a lyophilized crispr-cas12 assay for a sensitive, specific, and rapid detection of sars-cov-2

We evaluated a lyophilized CRISPR-Cas12 assay for SARS-CoV-2 detection (Lyo-CRISPR SARS-CoV-2 kit) based on reverse transcription, isothermal amplification, and CRISPR-Cas12 reaction. From a total of 210 RNA samples extracted from nasopharyngeal swabs using spin columns, the LyoCRISPR SARS-CoV-2 kit detected 105/105 (100%; 95% confidence interval (CI): 96.55–100) positive samples and 104/105 (99.05%; 95% CI: 94.81–99.97) negative samples that were previously tested using commercial RT-qPCR. The estimated overall Kappa index was 0.991, reflecting an almost perfect concordance level between the two diagnostic tests. An initial validation test was also performed on 30 nasopharyngeal samples collected in lysis buffer, in which the Lyo-CRISPR SARS-CoV-2 kit detected 20/21 (95.24%; 95% CI: 76.18–99.88) positive samples and 9/9 (100%; 95% CI: 66.37–100) negative samples. The estimated Kappa index was 0.923, indicating a strong concordance between the test procedures. The Lyo-CRISPR SARS-CoV-2 kit was suitable for detecting a wide range of RT-qPCR-positive samples (cycle threshold range: 11.45–36.90) and dilutions of heat-inactivated virus (range: 2.5–100 copies/µL); no cross-reaction was observed with the other respiratory pathogens tested. We demonstrated that the performance of the Lyo-CRISPR SARS-CoV-2 kit was similar to that of commercial RT-qPCR, as the former was highly sensitive and specific, timesaving (1.5 h), inexpensive, and did not require sophisticated equipment. The use of this kit would reduce the time taken for diagnosis and facilitate molecular diagnosis in low-resource laboratories.

Fil: Curti, Lucía Ana. Caspr Biotech; Estados Unidos

Fil: Primost, Ivana. Municipalidad de Malvinas Argentinas (buenos Aires). Hospital Municipal de Trauma y Emergencias Doctor Federico Abete.; Argentina

Fil: Valla, Sofía Aylén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires; Argentina

Fil: Ibañez Alegre, Daiana Macarena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical; Argentina

Fil: Olguin Perglione, Cecilia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina

Fil: Repizo, Guillermo Daniel. Caspr Biotech; Estados Unidos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina

Fil: Lara, María Julia. Caspr Biotech; Estados Unidos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina

Fil: Parcerisa, Ivana Lorna. Caspr Biotech; Estados Unidos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina

Fil: Palacios, Antonela Rocio. Caspr Biotech; Estados Unidos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina

Fil: Llases, María Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Caspr Biotech; Estados Unidos

Fil: Rinflerch, Adriana Raquel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical; Argentina

Fil: Barrios, Melanie. Instituto de Producción Agropecuaria; Argentina

Fil: Pereyra Bonnet, Federico Alberto. Caspr Biotech; Estados Unidos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina

Fil: Giménez, Carla Alejandra. Caspr Biotech; Estados Unidos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina

Fil: Marcone, Débora Natalia. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina