A transcriptome-based phylogenetic study of hard ticks (Ixodidae)
2019
Pierre Charrier, N | Hermouet, Axelle | Hervet, Caroline, C. | Agoulon, Albert | Barker, Stephen, C | Heylen, Dieter | Toty, Céline | Mccoy, Karen | Plantard, Olivier | Rispe, Claude | Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS) | The University of Queensland (UQ [All campuses : Brisbane, Dutton Park Gatton, Herston, St Lucia and other locations]) | University of Antwerp (UA) | Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC) ; Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Occitanie]) | Evolution of host-microbe communities (MIVEGEC-EVCO) ; Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC) ; Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC) ; Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Occitanie])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Occitanie])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC) ; Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Occitanie])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Occitanie]) | ANR-13-BSV7-0018,ESPEVEC,Facteurs historiques et contemporains dans l'évolution de la spécialisation d'hôte chez les organismes vecteurs(2013)
International audience
اظهر المزيد [+] اقل [-]إنجليزي. Hard ticks are widely distributed across temperate regions, show strong variation in host associations, and are potential vectors of a diversity of medically important zoonoses, such as Lyme disease. To address unresolved issues with respect to the evolutionary relationships among certain species or genera, we produced novel RNA-Seq data sets for nine different Ixodes species. We combined this new data with 18 data sets obtained from public databases, both for Ixodes and non-Ixodes hard tick species, using soft ticks as an outgroup. We assembled transcriptomes (for 27 species in total), predicted coding sequences and identified single copy orthologues (SCO). Using Maximum-likelihood and Bayesian frameworks, we reconstructed a hard tick phylogeny for the nuclear genome. We also obtained a mitochondrial DNA-based phylogeny using published genome sequences and mitochondrial sequences derived from the new transcriptomes. Our results confirm previous studies showing that the Ixodes genus is monophyletic and clarify the relationships among Ixodes sub-genera. This work provides a baseline for studying the evolutionary history of ticks: we indeed found an unexpected acceleration of substitutions for mitochondrial sequences of Prostriata, and for nuclear and mitochondrial genes of two species of Rhipicephalus, which we relate with patterns of genome architecture and changes of life-cycle, respectively.
اظهر المزيد [+] اقل [-]الكلمات المفتاحية الخاصة بالمكنز الزراعي (أجروفوك)
المعلومات البيبليوغرافية
تم تزويد هذا السجل من قبل Institut national de la recherche agronomique