A reference genome of Solanum habrochaites
2022
Caromel, Bernard | Lagnel, Jacques | Iampietro, Carole | Coant, Marie-Claire Le | Sallaberry, Marine | Duboscq, Renaud | Bachellez, Alexandre | Massire, Anne | Bouchez, Olivier | Lluch, Jérôme | Lefebvre, Véronique | Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL) ; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe) ; Plateforme Génome & Transcriptome (GET) ; Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL) ; Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL) ; Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | CASDAR “DG-PHYTOM” project, financially supported by the French Ministry of Agriculture
International audience
اظهر المزيد [+] اقل [-]إنجليزي. Related species have been used in tomato breeding as sources of resistance to many diseases. Genetic maps based on progenies issued from interspecific crosses highlighted chromosomal rearrangements between the cultivated tomato (Solanum lycopersicum) and related species. Genome rearrangements limit therefore the use of the tomato reference genome sequence to study interesting loci in related species. High-quality genomes from tomato-related species are available for S. pimpinellifolium and S. pennellii. However, no high-quality genome is available to date for S. habrochaites, a species carrying resistance to several pests and pathogens. We thus constructed a reference genome of S. habrochaites, using a combination of PacBio Hifi sequencing and Hi-C technology for scaffolding. Following the PacBio Hifi sequencing, we assembled the genome with a total size of 1.03Gbp in 959 contigs, with N50 of 14 Mb, using Hifiasm software. Then, the contigs were scaffolded using Hi-C data to obtain chromosome-scale pseudo-molecules. Finally, the assembly was polished using Illumina short reads. We aim to use this novel reference genome of S. habrochaites to accurately identify resistance QTLs in regions rearranged between the genomes of S. habrochaites and of cultivated tomato.
اظهر المزيد [+] اقل [-]الكلمات المفتاحية الخاصة بالمكنز الزراعي (أجروفوك)
المعلومات البيبليوغرافية
تم تزويد هذا السجل من قبل Institut national de la recherche agronomique