Proficiency testing and cross-laboratory method comparison to support standardisation of diatom DNA metabarcoding for freshwater biomonitoring
2025
Vasselon, Valentin | Rivera, Sinziana | Ács, Éva | Almeida, Salomé Baja | Andree, Karl | Apothéloz-Perret-Gentil, Laure | Bailet, Bonnie | Baričević, Ana | Beentjes, Kevin | Bettig, Juliane | Bouchez, Agnès | Capelli, Camilla | Chardon, Cécile | Duleba, Mónika | Elersek, Tina | Genthon, Clémence | Jablonska, Maša | Jacas, Louis | Kahlert, Maria | Kelly, Martyn | Macher, Jan-Niklas | Mauri, Federica | Moletta-Denat, Marina | Mortágua, Andreia | Pawlowski, Jan | Pérez-Burillo, Javier | Pfannkuchen, Martin | Pilgrim, Erik | Pissaridou, Panayiota | Rimet, Frédéric | Stanic, Karmen | Tapolczai, Kálmán | Theroux, Susanna | Trobajo, Rosa | van der Hoorn, Berry | Vasquez, Marlen | Vidal, Marie | Wanless, David | Warren, Jonathan | Zimmermann, Jonas | Paix, Benoît | SCIMABIO Interface SAS | Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL) ; Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (Fédération OSUG) | Hungarian Academy of Sciences (MTA) | Ludovika University of Public Service | Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries = Institute of Agrifood Research and Technology (IRTA) | Agroscope | Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan (DECOD) ; Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut Agro Rennes Angers ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro) | Institut Ruđer Bošković (IRB) | Naturalis Biodiversity Center [Leiden] | Freie Universität Berlin = Free University of Berlin | Scuola universitaria professionale della Svizzera italiana = University of Applied Sciences and Arts of Southern Switzerland [Manno] (SUPSI) | National Institute of Biology [Ljubljana] (NIB) | Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe) ; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET) ; Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL) ; Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Toulouse (EPE UT) ; Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Toulouse (EPE UT) ; Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL) ; Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Toulouse (EPE UT) ; Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Toulouse (EPE UT) ; Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse) | University of Ljubljana | Swedish University of Agricultural Sciences = Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) | Bowburn Consultancy | University of Nottingham, UK (UON) | Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement [Narbonne] (LBE) ; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Universidade de Aveiro = University of Aveiro | Université de Genève = University of Geneva (UNIGE) | US Environmental Protection Agency (EPA) | Cyprus University of Technology | Balaton Limnological Research Institute ; Centre for Ecological Research [Budapest] ; Eötvös Loránd Tudományegyetem = Eötvös Loránd University [Budapest] (ELTE)-Hungarian Academy of Sciences (MTA)-Eötvös Loránd Tudományegyetem = Eötvös Loránd University [Budapest] (ELTE)-Hungarian Academy of Sciences (MTA) | Southern California Coastal Water Research Project (SCCWRP) | Department for Environment, Food & Rural Affairs (DEFRA) | European Cooperation in Science and Technology (COST) Action DNAqua-Net (CA15219) | the Croatian Science Foundation (UIP-2014-09-6563 and UIP-2020-02-7868). | Cyprus University of Technology, WAT-DIMON (EUROSTARS/0519/0005) | Macherey-Nagel, Takara, ID-Gene, SCIMABIO Interface, INRAE (French National Research Institute for Agriculture, Food and Environment), INRAE Transfert, the Eco-AlpsWater Interreg Alpine space programme, The Swedish Environmental Protection Agency
International audience
اظهر المزيد [+] اقل [-]إنجليزي. DNA metabarcoding of benthic diatoms has been successfully applied for biomonitoring at the national scale and can now be considered technically ready for routine application. However, protocols and methods still vary between and within countries, limiting their transferability and the comparability of results. In order to overcome this, routine use of DNA metabarcoding for diatom biomonitoring requires knowledge of the sources of variability introduced by the different steps of the procedure. Here, we examine how elements of routine procedures contribute to variability between European laboratories. A set of four experiments were performed focusing on DNA extraction and PCR amplification steps to evaluate their reproducibility between different laboratories and the variability introduced by different protocols currently applied by the scientific community. Under the guidance of a reference laboratory, 17 participants from 14 countries performed DNA extraction and PCR amplification in parallel, using the same fixed protocol and their own choice of protocol. Experiments were performed by each participant on a set of standardised DNA and biofilm samples (river, lake and mock community) to investigate potential systematic and random errors. Our results revealed the successful transferability of a protocol amongst labs and a highly similar and consistent ecological assessment outcome obtained regardless of the protocols used by each participant. We propose an “all for one but prove them all” strategy, suggesting that distinct protocols can be used within the scientific community, as long as their consistency is be proven by following minimum standard requirements.
اظهر المزيد [+] اقل [-]الكلمات المفتاحية الخاصة بالمكنز الزراعي (أجروفوك)
المعلومات البيبليوغرافية
تم تزويد هذا السجل من قبل Institut national de la recherche agronomique