Assessment of 35mer amino-modified oligonucleotide based microarray with bacterial samples.
2004
Calevro, Federica | Charles, Hubert | Reymond, Nancie | Dugas, Vincent | Cloarec, Jean-Pierre | Bernillon, Jacques | Rahbé, Yvan | Febvay, Gérard | Fayard, Jean-Michel | Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon) ; Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA) | INL - Dispositifs pour la Santé et l’Environnement (INL - DSE) ; Institut des Nanotechnologies de Lyon (INL) ; École Centrale de Lyon (ECL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon) ; Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon) ; Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
International audience
اظهر المزيد [+] اقل [-]إنجليزي. Parallel quantification of a large number of messenger RNA transcripts, using microarray technology, promises to provide unsuspected information about many cellular processes. Although experimental protocols on microarray applications are available, only limited methodological information on glass-slide manufacturing and signal interpretation has been published. The aim of this paper is to provide new insights into the practical aspects of the construction and hybridization of oligonucleotide-based microarrays. The intracellular symbiotic bacterium of aphids, Buchnera aphidicola, is used here as a model organism. The first part of the work is devoted to the optimization of procedures for printing slides, labeling of cDNA targets and hybridization. In the second part, based on a statistical analysis of the results, we discuss the influence of the probe attachment chemistry, of the labeling method, of the oligonucleotide position and of the concentration of a spotted oligonucleotide on signal intensity. The problem of signal specificity is also addressed, based on the calculation of the fluorescent ratio for each probe to its corresponding mismatch control probe. Lastly, the selection of internal spiked RNAs appropriate to our bacterial samples and useful for the data normalization step is presented.
اظهر المزيد [+] اقل [-]الكلمات المفتاحية الخاصة بالمكنز الزراعي (أجروفوك)
المعلومات البيبليوغرافية
تم تزويد هذا السجل من قبل Institut national de la recherche agronomique