La taxonomía de los tardígrados es especialmente difícil en algunos géneros, por lo cual se ha hecho énfasis en el uso de la biología molecular para su identificación. Teniendo esto en cuenta, se realizó un estudio taxonómico de los tardígrados presentes en la cuenca baja del río Manzanares, en Santa Marta, utilizando caracteres morfológicos y la amplificación de un fragmento del gen COI, usado para obtener códigos de barras genéticos. Se identificaron trece especies de ocho géneros de tardígrados (Calcarobiotus, Doryphoribius,Echiniscus, Pseudechiniscus, Macrobiotus, Milnesium, Minibiotus, Paramacrobiotus, Pseudechiniscus). Calcarobiotus y Doryphoribius constituyen nuevos registros para Colombia. Adicionalmente, se obtuvieron secuencias de COI de una especie (Paramacrobiotus grupo richtersi sp. 1), y se compararon con las secuencias del mismo género presentes en la base de datos de GenBank a través de un análisis de divergencia específica y análisis de vecino más cercano (NJ). Las secuencias obtenidas en el estudio mostraron una clara diferenciación de las secuencias de GenBank, mientras que al mismo tiempo mostraron una baja distancia intraespecífica, demostrando que efectivamente pertenecen a una misma especie, y reflejando la utilidad de las pruebas moleculares en estudios taxonómicos. Los estudios de taxonomía integradora, que combinan, por ejemplo, caracteres morfológicos y estudios moleculares, son un campo de estudio que permite un enfoque comparativo de la información obtenida a través de estas técnicas, y que puedan generar resultados más confiables.