Detection and Practical Differentiation of Phytoplasmas from Several Host Plants Using PCR-RFLP | Deteksi dan Pembedaan Praktis Fitoplasma dari Beberapa Tanaman Inang Menggunakan PCR-RFLP

Indonesian. Deteksi dan Pembedaan Praktis Fitoplasma dari Beberapa Tanaman Inang Menggunakan PCR-RFLP Fitoplasma adalah prokariota fitopatogenik dengan kisaran inang yang luas dan merupakan patogen yang perlu mendapatkan perhatian lebih banyak di Indonesia. Patogen ini relatif sulit untuk dideteksi dan diidentifikasi mengingat sifat biologinya yang rumit. Penelitian ini meliputi deteksi fitoplasma menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR) dengan primer P1/P7 dari tujuh tanaman bergejala, yaitu daun putih rumput Bermuda, kuning bambu, sapu kacang tanah, kedelai, kacang panjang dan kaktus, serta daun kecil ubi jalar. DNA gen 16S rRNA fitoplasma hasil amplifikasi PCR selanjutnya direaksikan dengan masing-masing enzim endonuklease restriksi AluI, RSaI dan MSeI untuk menghasilkan pola restriction fragment length polymorphism (RFLP). Tujuh tanaman sakit tersebut terkonfirmasi berasosiasi dengan fitoplasma yang ditunjukkan oleh produk PCR sebesar 1800 pb. Berdasarkan profil RFLP tiga enzim, fitoplasma dibedakan ke dalam dua kelompok, yaitu kelompok I (rumput Bermuda dan bambu) dan kelompok II (kacang tanah, kedelai, kacang panjang, kaktus dan ubi jalar). Fitoplasma kaktus merupakan sub-kelompok (galur) karena memiliki sedikit perbedaan fragmen dari profil RFLP dengan enzim MSeI.

English. Phytoplasma as a phytopathogenic prokaryote with a wide host range is a pathogen that needs more attention in Indonesia. This pathogen is relatively difficult to detect and identify due to its complicated biological properties. This study involved detection of phytoplasmas by polymerase chain reaction (PCR) technique with P1/P7 primers from seven symptomatic plants, i.e. Bermuda grass white leaf, bamboo yellows, witches’ broom of peanut, soybean, yard long bean, and cactus, and sweet potato little leaf. The phytoplasma DNA of the 16S rRNA gene resulting from PCR amplification was examined by digestion reaction using three endonuclease enzymes AluI, RSaI, and MSeI to generate restriction fragment length polymorphism (RFLP) profile. The seven diseased plants were confirmed positive to be associated with phytoplasma as indicated by the PCR product of 1800 bp. Based on the RFLP profiles of the three enzymes, the phytoplasmas were divided into two groups, namely group I (Bermuda grass and bamboo) and group II (peanuts, soybeans, yard long beans, cactus, and sweet potatoes). Cactus phytoplasma is a sub-group (strain) because it has a slightly different fragment of MSeI RFLP profile.