بررسی بیوانفورماتیکی تغییرات بیان رونوشت ژنهای شیردان به آلودگی انگل Heamonchus contortus در گوسفندان مقاوم و حساس
2023
رامین صیقلانی | حبیب الله سمیع زاده لاهیجی | فرجاد رفیعی | مجید متقی طلب | میثم گلین شریفدینی
هدف از این مطالعه، انجام یک بررسی سیستماتیک و متاآنالیز دادههای جمع آوری شده از گوسفندان آلوده شده با Heamonchus contortus به عنوان یکی از مهمترین و بیماریزاترین انگلهای دستگاه گوارش گوسفند و تجزیه و تحلیل کلی تغییر در رونوشت ژنهای شیردان در پاسخ به این عفونت با استفاده از فناوری RNA-seq و ابزارهای بیوانفورماتیک بود. به منظور شناسایی ژنها و مسیرهای مرتبط با عفونت، متاآنالیز با ترکیب مجموعه دادههای مختلف عفونت Heamonchus contortus گوسفند با استفاده از بسته رنک پراد نرم افزار R انجام شد و نتایج بهدست آمده برای استحصال اطلاعات بیشتر مورد تجزیه و تحلیلهای پائیندستی قرار گرفتند. نتایج حاصل از متاآنالیز نشان داد که در مجموع، 1388 ژن بین نژادهای مقاوم و حساس دارای بیان افتراقی (DEGها) بودند. مطابق با نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل هستیشناسی ژن و دانشنامه کیوتوی ژنها و ژنومها (KEGG)، این ژنهای دارای بیان افتراقی (DEGها) در فرآیندهای زیستی متعددی مانند سوخت و ساز واحدهای یک کربنی، ترجمه، مسیر سیگنالینگ رسپتور سطح سلولی، پاسخ ایمنی، مسیرهای متابولیکی و ... درگیر بودند. با استفاده از تجزیه و تحلیل برهمکنش پروتئین-پروتئین، ژنهای هاب متعددی مانند آلبومین و CD4 شناسایی شدند که ممکن است نشان دهد بهبود پاسخ ایمنی ناشی از افزایش بیان ژنهای مختلف در ایجاد مقاومت تأثیر میگذارد. نتایج این مطالعه، بینشی کلی از تغییرات در ترانسکریپتوم نژادهای مقاوم و حساس گوسفند و ساز و کارهای مولکولی مقاومت میزبان در نتیجه عفونت Heamonchus contortus ارائه میدهد که میتواند مبنایی برای تحقیقات بیشتر در مورد این موضوع فراهم نماید.
Show more [+] Less [-]Bibliographic information
This bibliographic record has been provided by Directory of Open Access Journals