BioMAJ: a flexible framework for databanks synchronization and processing

Filangi , Olivier
        INRA
         .; Beausse , Yoann
        INRA
         .
         UR 0875 Unité de recherche Biométrie et Intelligence Artificielle; Assi , Anthony
        . IRISA - Symbiose Project; Legrand , Ludovic
        INRA
         .
         UR 1077 Mathématique, Informatique et Génome; Larre , Jean-Marc
        INRA
        , Auzeville .
         UR 0875 Unité de recherche Biométrie et Intelligence Artificielle; Martin , Veronique
        INRA
        , Jouy-En-Josas .
         UR 1077 Mathématique, Informatique et Génome; Collin , Olivier
        . IRISA - Symbiose Project; Caron , Christophe
        INRA
         .
         UR 1077 Mathématique, Informatique et Génome; Leroy , Hugues
        . IRISA - Symbiose Project; Allouche , David
        INRA
        , Auzeville .
         UR 0875 Unité de recherche Biométrie et Intelligence Artificielle

BioMAJ: a flexible framework for databanks synchronization and processing

2008

Filangi , Olivier (INRA (France). ) | Beausse , Yoann (INRA (France). UR 0875 Unité de recherche Biométrie et Intelligence Artificielle) | Assi , Anthony (Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique, Rennes(France). IRISA - Symbiose Project) | Legrand , Ludovic (INRA (France). UR 1077 Mathématique, Informatique et Génome) | Larre , Jean-Marc (INRA , Auzeville (France). UR 0875 Unité de recherche Biométrie et Intelligence Artificielle) | Martin , Veronique (INRA , Jouy-En-Josas (France). UR 1077 Mathématique, Informatique et Génome) | Collin , Olivier (Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique, Rennes(France). IRISA - Symbiose Project) | Caron , Christophe (INRA (France). UR 1077 Mathématique, Informatique et Génome) | Leroy , Hugues (Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique, Rennes(France). IRISA - Symbiose Project) | Allouche , David (INRA , Auzeville (France). UR 0875 Unité de recherche Biométrie et Intelligence Artificielle)

Large- and medium-scale computational molecular biology projects require accurate bioinformatics software and numerous heterogeneous biological databanks, which are distributed around the world. BioMAJ provides a flexible, robust, fully automated environment for managing such massive amounts of data. The JAVA application enables automation of the data update cycle process and supervision of the locally mirrored data repository. We have developed workflows that handle some of the most commonly used bioinformatics databases. A set of scripts is also available for post-synchronization data treatment consisting of indexation or format conversion (for NCBI blast, SRS, EMBOSS, GCG, etc.). BioMAJ can be easily extended by personal homemade processing scripts. Source history can be kept via html reports containing statements of locally managed databanks. AVAILABILITY: http://biomaj.genouest.org. BioMAJ is free open software. It is freely available under the CECILL version 2 license.

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