Dispersal and genetic structure in a Harvest mouse (Micromys minutus PALLAS, 1771) population, subject to seasonal flooding | Dispersion et structure génétique d’une population de Rat des moissons (Micromys minutus PALLAS, 1771) soumise à des inondations régulières

French. L’effet des inondations sur la structure génétique des populations de petits mammifères et sur leur réponse comportementale demeure encore peu étudié. Le Rat des moissons (Micromys minutus) est un modèle d’étude intéressant parce que plusieurs traits de sa biologie suggèrent qu’il doit être bien adapté à ce type de perturbation. Cette thèse a pour objectifs d’identifier la structure génétique d’une population de Rats des moissons à l’échelle d’un paysage, de déterminer les capacités de déplacements et de dispersion des animaux, et d’évaluer l’effet des inondations sur leurs déplacements et sur la structure génétique des populations. L’étude combine des approches directes sur le terrain (CMR, radiopistage, pièges-photos) avec des inférences issues d’analyses génétiques sur un grand nombre d’individus, grâce à neuf nouveaux microsatellites polymorphes décrits pour cette espèce. Le Rat des moissons forme une population unique à l’échelle du paysage considéré, avec un très faible isolement par la distance dû à des flux de gènes importants. Ses capacités de dispersions sont élevées. Pendant les inondations, les animaux restent dans la roselière sans mouvement de fuite apparent. Les inondations ont un effet sur les flux géniques qui est différent selon les possibilités de refuge fournies par les habitats. Ces résultats montrent que le Rat des moissons est une espèce adaptée aux inondations. Plus généralement, il mérite d’être considéré comme une espèce porte-drapeau des zones humides.

English. The effect of flooding on the genetic structure of small mammal populations and their behavioural response remains unstudied. The Harvest mouse (Micromys minutus) is an interesting study model because several traits of its biology suggest that it should be well adapted to this type of disturbance. The purpose of this thesis is to identify the genetic structure of a population of Harvest mouse on a landscape scale, to determine the ability of animals to move and disperse, and to assess the effect of floods on their movements and on the genetic structure of populations. The study combines direct field approaches (CMR, radiotracking, camera traps) with inferences from genetic analyses on a large number of individuals, using nine new polymorphic microsatellites described for this species. The Harvest mouse forms a unique population at the landscape scale, with very little isolation by distance due to large gene flows. Its dispersal abilities are high. During the floods, the Harvest mouse stays in the reedbed without any apparent leak. Floods have an effect on gene flows that is different, depending on the refuge possibilities provided by habitats. These outcomes show that the Harvest mouse is a flood-friendly species. More generally, it should be considered as a wetland flagship species.