Estimating copper tolerance of microbial communities from sediment to diagnostic Cu exposure | Application de l'approche PICT aux communautés microbiennes du sédiment exposées au cuivre

French. L'adaptation in situ des communautés microbiennes aux contaminants est le résultat de différents processus favorisant la sélection des espèces tolérantes et la disparition des espèces sensibles. De nombreuses études ont démontré l'intérêt de caractériser cette capacité d'adaptation pour diagnostiquer un niveau d'exposition à un contaminant chimique suffisant pour induire une modification de la communauté microbienne étudiée[1], suivant le concept PICT (Pollution Induced Community Tolerance[2]). Récemment, la mesure de la tolérance au cuivre de communautés microbiennes benthiques issues de sédiments superficiels provenant de différentes rivières nous a permis de mettre en évidence une relation exponentielle entre la tolérance microbienne au cuivre et les niveaux de contamination in situ dans ce compartiment. Ces premiers résultats suggèrent l'existence d'une tolérance microbienne basale qui permettrait de dépasser l'approche relative (i.e. la comparaison de sites contaminés avec une référence) utilisée jusqu'à présent. Néanmoins, l'application de l'approche PICT au sédiment, peu pris en considération jusqu'alors, a mis en évidence une problématique propre à cette matrice. En effet, les caractéristiques de cette matrice (granulométrie, quantité et qualité de matières organiques...) peuvent affecter la bio-disponibilité des contaminants lors des tests de toxicité et influencer leurs résultats indépendamment de la tolérance microbienne. Afin de s'affranchir de cet « effet matrice », nous avons comparé plusieurs méthodes pour détacher les communautés microbiennes du sédiment en conservant au maximum leur viabilité et activité (prérequis pour pouvoir réaliser les tests de toxicité). L'homogénéisation mécanique dans un tampon pyrophosphate a donné les meilleurs résultats et son application à des communautés microbiennes exposées au laboratoire à différents niveaux de cuivre a permis de mettre en évidence une acquisition de tolérance en lien avec l'exposition.