Liens entre efficacité digestive et composition du microbiote chez le poulet de chair

French. Un croisement de deuxième génération entre deux lignées divergentes de poulets de chair sélectionnés sur leurefficacité digestive a permis l’étude des relations entre composition du microbiote caecal et efficacité digestive.La composition du microbiote caecal (quantité de Lactobacillus, L. salivarius, L. crispatus, C. coccoides, C.leptum et E. coli par gramme de contenu caecal) a été déterminée sur 144 animaux présentant une efficacitéalimentaire et digestive faible (IC = 2.02, EMAn = 2936 kcal/kg MS) ou forte (IC = 1.41, EMAn = 3444 kcal/kgMS) à 3 semaines. Au niveau phénotypique, une régression linéaire multiple a été réalisée afin de déterminerquelle part de la variabilité de l’efficacité digestive était due à la composition du microbiote. Au niveaugénétique, nous avons estimé l’héritabilité de la composition du microbiote et détecté les zones du génome dupoulet contrôlant la composition du microbiote (QTL) à partir de 3379 marqueurs SNP. Les animaux peuefficaces présentent 1.66 fois plus de plus de Lactobacillus, 2.88 fois plus de L. salivarius et 2.56 fois plus d’E.coli que les animaux efficaces. Des régressions linéaires multiples montrent que la composition du microbioteexplique 19 à 22% de la variabilité de l’efficacité digestive. Nous avons également déterminé qu’il existait chezle poulet un contrôle génétique partiel de la composition du microbiote. En effet, les ratios entre L. crispatus, C.leptum ou C. coccoides et E. coli présentent une héritabilité significative (0.16-0.24). Par ailleurs, nous avonségalement détecté 14 QTL contrôlant la composition du microbiote, impliquant essentiellement C. leptum etLactobacillus. Ces zones QTL co-localisent avec des QTL de consommation et de comportement alimentaire(durée des repas), d’anatomie du tube digestif (poids et longueur de l’iléon) et de l’immunité.

English. A second generation cross between broiler lines divergently selected on their digestive efficiency has been usedto study the relationships between the composition of cecal microbiota and digestive efficiency. The compositionof cecal microbiota (amount of Lactobacillus, L. salivarius, L. crispatus, C. coccoides, C. leptum and E. coli pergram of cecal content) has been determined on 144 animals with contrasted feed and digestive efficiency (poorefficiency group : FCR=2.02, AMEn=2936 kcal/kg DM ; high efficiency group : FCR=1.41 ; AMEn=3444kcal/kg DM ) at 3 weeks. At the phenotypic level, a multiple linear regression has been done to estimate whichpart of the variability of digestive efficiency was due to microbiota composition. At the genetic level, weestimated the heritability of the composition of microbiota and detected genomic regions controlling thecomposition of microbiota (QTL), using 3379 SNP markers. Poorly efficient animals had 1.66 moreLactobacillus, 2.88 times more L. salivarius and 2.56 times more E. coli than efficient animals. Multiple linearregressions indicated that the composition of microbiota explains 19 to 22% of variability of digestive efficiency.We also showed that there is a partial genetic control of the composition of microbiota in chickens. The ratios ofL. crispatus, C. leptum or C. coccoides to E. coli exhibited a significant heritability (0.16-0.24). Moreover, wealso detected 14 QTL controlling microbiota composition, mostly for C. leptum and Lactobacillus. These QTLregions co-localise with QTL for feed intake, feeding behaviour (length of meals), anatomy of digestive tract(weight and length of ileum) and immunity.