Les enjeux du phénotypage des animaux d’élevage pour la qualité des produits carnés : Intérêts et limites du phénotypage à haut débit des animaux d’élevage pour répondre aux enjeux autour de la qualité des produits carnés

In a context of changing expectations for meat products from livestock, the research and development of animal and agricultural sciences should be more systemic and predictive. The implementation of programs with high-throughput phenotyping methods is aimed at establishing finer and finer functional relationships between the genotype of animals, their phenotypes and characteristics of their products with the perspective of sustainable farming in the different animal sectors (ruminants, pigs, poultry). These new approaches involve (i) the development and standardization of rapid methods both for the detection and quantification of biological or chemical contaminants or estimation of the quality of the animal products, (ii) the development of alternative methods to replace analytical measurements for the composition and technico-functional properties of products through innovative technologies used in routine (optical or imaging methods, non-invasive physical methods, etc..) and / or (iii) research and validation of early biological markers of quality (genetic markers, gene expression or protein levels of metabolites) and the development of methods used routinely to study these markers in order to develop reliable models to predict the quality of meat products.

Dans un contexte d’évolution de la nature des demandes vis-à-vis des produits carnés issus des animaux d’élevage, les projets de recherche-développement en sciences animales et agronomiques doivent être plus systémiques et prédictifs. La mise en place de programmes de phénotypage avec des méthodes à haut débit standardisées a pour ambition d’établir des relations fonctionnelles de plus en plus fines entre le génotype des animaux, leurs phénotypes et les caractéristiques de leurs produits dans une perspective d'élevage durable au sein des différentes filières animales (ruminants, porcins, volailles). Ces nouvelles approches impliquent(i) le développement et la standardisation de méthodes rapides que ce soit pour la détection et la quantification des contaminants biologiques ou chimiques ou pour l’estimation de la qualité des produits, (ii) la mise au point de méthodes alternatives aux mesures analytiques de la composition et des propriétés techno-fonctionnelles des produits grâce à des technologies innovantes utilisables en routine (méthodes optiques ou par imagerie, méthodes physiques non invasives, etc.), et/ou (iii) la recherche et la validation de marqueurs biologiques précoces de la qualité (marqueurs génétiques, expression de gènes ou de protéines, teneurs en métabolites) ainsi que le développement de méthodes utilisables en routine pour étudier ces marqueurs afin de développer des modèles fiables de prédiction de la qualité des produits carnés.