Mise en place d'un outil d'analyse de résultats de puces ADN (Affymetrix 61K Poplar) pour l'étude de la mécanoperception chez le Peuplier

Dans un contexte actuel de changement climatique, on observe une augmentation du nombre de tempêtes ainsi que de leur intensité. Comprendre comment les arbres s’adaptent et répondent à ces épisodes de fort vents pourrait permettre de sélectionner des plantes plus à même de résister à ces fortes perturbations. Plusieurs études ont montré les réponses morphologiques des arbres (augmentation de la croissance radiale, diminution de la croissance en hauteur, ect.) ainsi que la réponse transcriptomique de certains gènes. Afin d’étendre notre connaissance de la réponse des plantes aux sollicitations mécaniques et d’appréhender les réseaux de gènes responsables de cette réponse, une étude sur l’ensemble du transcriptome a été menée à l’aide de puces ADN spécifiques du peuplier. Etant donné le volume important de données produit par cette étude, la bioinformatique s’avère nécessaire pour traiter les résultats. Le but de ce stage a donc été de mettre en place une stratégie et un outil d’analyse afin d’exploiter ces résultats. L’outil permet actuellement de réaliser des clusters de gènes, de visualiser l’expression des gènes au sein de ces clusters et d’enrichirent ces clusters en annotations en Gene Ontology. Les premiers résultats obtenus à partir de jeux de données analysant la réponse cinétique des plantes au vent semblent cohérents avec des résultats phénotypiques déjà montrés. Dans un premier temps on observe une augmentation des facteurs de transcription, suivit d’une augmentation de l’activité enzymatique, principalement localisés au niveau des parois et des membranes des cellules.