Comparison of the PacBio 2.0 and 3.0 kits for full length mRNA sequencing in multiplex
2023
Sallaberry, Marine | Darnige, Eden | Hoffbeck, Lucien | Fourre, Sandra | Pochon, Mathis | da Rocha, Martine | Mantelin, Sophie | van Ghelder, Cyril | Danchin, Etienne | Robbe-Sermesant, Karine | Zouine, Mohammed | Iampietro, Carole | Vandecasteele, Céline | Donnadieu, Cécile | Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe) ; Plateforme Génome & Transcriptome (GET) ; Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL) ; Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL) ; Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Institut Sophia Agrobiotech (ISA) ; Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UCA) | Génomique et Biotechnologie des Fruits (GBF) ; École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | France génomique
International audience
Show more [+] Less [-]English. Our aim is to compare 2 Iso-Seq protocols carried out at the GeT-PlaGe core facility following an evolution of the kits offered by PacBio. For both protocols, we started with 4 mRNAs. The main difference is the timing of the addition of barcodes to the samples. The protocol with the Express Template Prep 2.0 (Kit 2.0) proposes early sample identification, whereas the protocol with the SMRTbell prep kit 3.0 (Kit 3.0) only includes the barcodes at the end of library preparation. Each protocol has its advantages and disadvantages, which we will describe in detail below. For this analysis, we relied on 2 scientific projects, ISOSOL and CHIMIONEM, in collaboration with the BMMF Genomics and Fruit Biotechnology laboratory and the Institut Sophia Agrobiotech (ISA) laboratory respectively. We must take into consideration that we are comparing different samples from different projects; the comparison is for informative purposes only. The ISOSOL project contains 4 tobacco samples, and the CHIMIONEM project contains 4 nematode samples.http://get.genotoul.fr
Show more [+] Less [-]French. Notre objectif est de comparer 2 protocoles Iso-Seq réalisés à la plateforme GeT-PlaGe en suivant une évolution des kits proposés par PacBio. Pour les deux protocoles, nous avons commencé avec 4 ARNm. La principale différence réside dans le moment de l'ajout des codes-barres aux échantillons. Le protocole avec l'Express Template Prep 2.0 (Kit 2.0) propose une identification précoce des échantillons, alors que le protocole avec le SMRTbell prep kit 3.0 (Kit 3.0) n'inclut les codes-barres qu'à la fin de la préparation de la librairie. Chaque protocole a ses avantages et ses inconvénients, que nous décrivons en détail ci-dessous. Pour cette analyse, nous nous sommes appuyés sur 2 projets scientifiques, ISOSOL et CHIMIONEM, en collaboration avec le BMMF et le laboratoire de l'Institut Sophia Agrobiotech (ISA). Nous devons tenir compte du fait que nous comparons des échantillons différents provenant de projets différents ; la comparaison n'a qu'une valeur informative.Le projet ISOSOL contient 4 échantillons de tabac et le projet CHIMIONEM contient 4 échantillons de nématodes.http://get.genotoul.fr
Show more [+] Less [-]AGROVOC Keywords
Bibliographic information
This bibliographic record has been provided by Institut national de la recherche agronomique
