Stable isotope probing of carbon flow in the plant holobiont
2016
Haichar-Baya, Feth-El-Zahar | Heulin, Thierry | Guyonnet, Julien P. | Achouak, Wafa | Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon | Biologie végétale et microbiologie environnementale - UMR7265 (BVME) ; Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB) (BIAM) ; Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) | Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) | Ecosystèmes continentaux et risques environnementaux (ECCOREV) ; Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | French National Research Agency (ANR CESA IMA-GMO)
Microbial communities associated with a plant host, constituting a holobiont, affect the physiology and growth of the plant via metabolites that are mainly derived from their photosynthates. The structure and function of active microbial communities that assimilate root exudates can be tracked by using stable isotope probing (SIP) approaches. This article reviews results from ongoing SIP research in plant microbe interactions, with a specific focus on investigating the fate of fresh and recalcitrant carbon in the rhizosphere with C-13 enriched-root exudates, in addition to identifying key players in carbon cycling. Finally, we discuss new SIP applications that have the potential to identify novel enzymes implicated in rhizoremediation or plant genes dedicated to root exudation by combining SIP approaches and genome wide associations studies.
Show more [+] Less [-]Bibliographic information
This bibliographic record has been provided by Institut national de la recherche agronomique
