Rosa gallica L. and other Gallic rosesOrigin(s) and role in the genesis of cultivated roses | Rosa gallica L. et autre Roses galliquesOrigine et rôle dans la génèse des roses cultivées

English. Rosa gallica L., a perennial, tetraploid, heterozygous species that propagates naturally by seed and sucker, occurs in the wild, mainly in Europe, and as cultivars. In France, its wild genetic diversity is geographically structured. In addition, this species is thought to be at the origin of the first horticultural groups (Hybrid Gallica, Centifolia, Alba, Damas...) of roses from which modern roses are derived by hybridization. The aims of this thesis are (1) to identify the factors responsible for the structure of French populations by characterizing European wild diversity, and (2) to assess the contribution of R. gallica to the first horticultural groups. Nearly 1,600 individuals, both wild, sampled over almost the entire European range, and cultivated were genotyped by sequencing newly developed microsatellites. To analyze these data in polyploids, a method for predicting ploidy levels was developed. French diversity is particularly structured compared to the rest of Europe, suggesting multiple origins in France. As in the rest of Europe, populations on the eastern side of France seem to have originated by natural dispersal from a glacial refugium located further south. In contrast, populations on the western side of the country appear to be the result of more recent human or natural dispersal. Unlike the Hybrid Gallica, the other ancient horticultural groups are the result of interspecific hybridizations. These findings represent a step towards understanding the evolutionary history of R. gallica.

French. Rosa gallica L., une espèce pérenne, tétraploïde, hétérozygote, qui se propage naturellement par graines et drageons, existe à l’état sauvage, principalement en Europe, et sous forme de cultivars. En France, sa diversité génétique sauvage est structurée géographiquement. De plus, cette espèce est supposée être à l’origine des premiers groupes horticoles (Hybrides Gallica, Centifolia, Alba, Damas…) de rosiers dont sont issus par hybridation les rosiers actuels. Les objectifs de cette thèse sont (1) d’identifier les facteurs à l’origine de la structuration des populations françaises par la caractérisation de la diversité sauvage européenne, et (2) d’évaluer la contribution de R. gallica aux premiers groupes horticoles. Près de 1600 individus, sauvages, échantillonnés sur quasiment l’ensemble de l’aire de répartition européenne, et cultivés ont été génotypés par séquençage de microsatellites, nouvellement développés. Pour analyser ces données chez des polyploïdes, une méthode de prédiction du niveau de ploïdie a été mise au point. La diversité française est particulièrement structurée comparée au reste de l’Europe, ce qui suggère des origines multiples en France. Les populations de la façade Est française semblent être issues, comme pour le reste de l’Europe, d’une dispersion naturelle depuis un refuge glaciaire situé plus au sud. A l’inverse, les populations de la façade Ouest seraient plus récentes et issues d’une dispersion naturelle ou humaine. Contrairement aux Hybrides Galliques, les autres groupes horticoles anciens sont issus d’hybridations interspécifiques. Ces résultats représentent une étape vers la compréhension de l’histoire évolutive de R. gallica.