Fully in vitro iterative construction of a 24 kb-long artificial DNA sequence to store digital information
2024
Leblanc, Julien | Boulle, Olivier | Roux, Emeline | Nicolas, Jacques | Lavenier, Dominique | Audic, Yann | Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale) ; Centre Inria de l'Université de Rennes ; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7) ; Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA) ; Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes) ; Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique) ; Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes) ; Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique) ; Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA) ; Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes) ; Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique) ; Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes) ; Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique) ; Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT) | Nutrition, Métabolismes et Cancer (NuMeCan) ; Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR) ; Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes (Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique) | J Leblanc is supported by Labex CominLabs (dnarXiv project) and O Boulle is supported by PEPR MolecularXiv (ANR-22-PEXM-0003). | ANR-22-PEXM-0003,From digital data to bases,Stockage de données massives sur ADN et polymères artificiels (Projet Ciblé 2 : DD2B - From digital data to bases)(2022)
International audience
Show more [+] Less [-]English. In the absence of a DNA template, the production of long double-stranded DNA molecules of predefined sequences is particularly challenging. The DNA synthesis step remains a bottleneck for many applications such as functional assessment of ancestral genes, analysis of alternative splicing or DNA-based data storage. In this report we propose a fully protocol to generate very long double-stranded DNA molecules starting from commercially available short DNA blocks in less than 3 days using Golden Gate assembly. This innovative application allowed us to streamline the process to produce a 24 kb-long DNA molecule storing part of of 1789 . The DNA molecule produced can be readily cloned into a suitable host/vector system for amplification and selection.
Show more [+] Less [-]Bibliographic information
This bibliographic record has been provided by Institut national de la recherche agronomique