The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses
2018
Raymond, Olivier | Gouzy, Jerome | Just, Jérémy | Badouin, Hélène | Verdenaud, Marion | Lemainque, Arnaud | Vergne, Philippe | Moja, Sandrine | Choisne, Nathalie | Pont, Caroline, C. | Carrere, Sébastien | Caissard, Jean Claude | Couloux, Arnaud | Cottret, Ludovic | Aury, Jean-Marc | Szécsi, Judit | Latrasse, David, D. | Madoui, Mohammed | Francois, Léa | Fu, Xiaopeng | Yang, Shu-Hua | Dubois, Annick | Piola, Florence | Larrieu, Antoine | Perez, Magali | Labadie, Karine | Perrier, Lauriane | Govetto, Benjamin | Labrousse, Yoan | Villand, Priscilla | Bardoux, Claudia | Boltz, Véronique | Lopez-Roques, Celine | Heitzler, Pascal | Vernoux, Teva | Vandenbussche, Michiel | Quesneville, Hadi | Boualem, Adnane | Bendahmane, Abdelhafid | Liu, Chang | Le Bris, Manuel | Salse, Jérôme | Baudino, Sylvie | Benhamed, Moussa | Wincker, Patrick | Bendahmane, Mohammed | Reproduction et développement des plantes (RDP) ; École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon) ; Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Sexe et évolution [LBBE] ; Département PEGASE [LBBE] (PEGASE) ; Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE) ; Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE) ; Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Centre National de Génotypage (CNG) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) | Laboratoire de Biotechnologies Végétales appliquées aux Plantes Aromatiques et Médicinales (BVPAM) ; Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Unité de Recherche Génomique Info (URGI) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) | Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]) | Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité (LBGB) ; Génomique métabolique (UMR 8030) ; Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE) ; Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE) ; Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) | Key Laboratory of Horticultural Plant Biology ; Huazhong Agricultural University [Wuhan] (HZAU) | LEHNA - Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés [équipe EVZH] (LEHNA EVZH) ; Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA) ; Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA) ; Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE) ; Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) | Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE) ; Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP) ; Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Zentrum für Molekularbiologie der Pflanzen (ZMBP) ; Eberhard Karls Universität Tübingen = University of Tübingen | Génomique métabolique (UMR 8030) ; Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE) ; Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | GET-PACBIO program (programme operationnel FEDER-FSE MIDI-PYRENEES ET GARONNE) ; French National Institute of Agronomic Research (INRA) ; program Fonds Recherche of Ecole Normale Superieure-Lyon-France ; Genoscope ; French National Research Agency program DODO : ANR-16CE20-0024-03 ; French National Research Agency program AUXIFLO : ANR-12-BSV6-0005 ; Labex Saclay Plant Sciences-SPS : ANR-10- LABX-0040-SPS | ANR-13-BSV7-0014,DODO,Identification et caractérisation des mutations DOMINANT DOUBLE (DODO) and DOUBLE FLOWER (DF) chez le pétunia et la rose(2013) | ANR-12-BSV6-0005,AuxiFlo,Couplage entre le réseau transcriptionnel de l'auxine et l'identité florale(2012) | ANR-11-IDEX-0002,UNITI,Université Fédérale de Toulouse(2011) | European Project: 341076,ERC-2013-ADG,ERC-2013-ADG,SEXYPARTH(2014)
Epub ahead of print
Show more [+] Less [-]International audience
Show more [+] Less [-]English. Roses have high cultural and economic importance as ornamental plants and in the perfume industry. We report the rose whole-genome sequencing and assembly and resequencing of major genotypes that contributed to rose domestication. We generated a homozygous genotype from a heterozygous diploid modern rose progenitor, Rosa chinensis ‘Old Blush’. Using single-molecule real-time sequencing and a meta-assembly approach, we obtained one of the most comprehensive plant genomes to date. Diversity analyses highlighted the mosaic origin of ‘La France’, one of the first hybrids combining the growth vigor of European species and the recurrent blooming of Chinese species. Genomic segments of Chinese ancestry identified new candidate genes for recurrent blooming. Reconstructing regulatory and secondary metabolism pathways allowed us to propose a model of interconnected regulation of scent and flower color. This genome provides a foundation for understanding the mechanisms governing rose traits and should accelerate improvement in roses, Rosaceae and ornamentals.
Show more [+] Less [-]Bibliographic information
This bibliographic record has been provided by Institut national de la recherche agronomique