Challenges of microsatellite development in Lepidoptera: Euphydryas aurinia(Nymphalidae) as a case study
2011
Sinama, Melthide | Dubut, Vincent | Costedoat, Caroline | Gilles, André | Junker, M. | Malausa, Thibaut | Martin, Jean-Francois | Nève, Gabriel | Pech, Nicolas | Schmitt, Thomas | Zimmermann, Marie | Meglécz, Emese | Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE) ; Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Department of Biogeography ; Trier Universität = Trier University = Université de Trèves (Uni Trier) | Institut Sophia Agrobiotech (ISA) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Unité de Nutrition Humaine (UNH) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université | MetaToul AXIOM (E20) ; ToxAlim (ToxAlim) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-MetaboHUB-MetaToul ; MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL) ; Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL) ; Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Institut de recherche sur la biologie de l'insecte (IRBI) ; Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Universite Aix-Marseille I ; French Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
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Show more [+] Less [-]English. Currently it remains difficult to obtain robust microsatellite markers for Lepidoptera. In an attempt to overcome the problemsassociated with developing microsatellite markers for this insect order we combined (i) biotin-enrichment protocol, (ii) nextgeneration pyrosequencing (through 454 GS-FLX Titanium technology) and (iii) the use of individuals collected from eight geographicallydistant European populations representing three subspecies of Euphydryas aurinia. Out of 96 stringently designed primerpairs, 12 polymorphic microsatellite loci amplified without obvious evidence of null alleles in eight individuals from different subspecies.Between five and seven of these loci showed full within population applicability and three revealed to be robust and transferablebetween populations and sub-species, providing a first step towards the development of a valuable and robust tool forstudying conservation issues and evolution in E. aurinia populations. Nevertheless, as in most studies dealing with Lepidopteramicrosatellites, null alleles were detected in most of the developed markers. Our results emphasize the need for further research inorder to better understand the complex evolution and organization of Lepidopteran genomes.
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Bibliographic information
This bibliographic record has been provided by Institut national de la recherche agronomique