HIV-1 subtype B-infected MSM may have driven the spread of transmitted resistant strains in France in 2007–12: impact on susceptibility to first-line strategies

Frange, Pierre | Assoumou, Pierre | Descamps, Diane | Chéret, Antoine | Goujard, Cécile | Tran, Laurent | Gousset, Marine | Avettand-Fenoël, Véronique | Bocket, Laurence | Tran, Samira | Guinard, Jérôme | Morand-Joubert, Pierre | Nicot, Florence | Plantier, Jean-Christophe | Rogez, Sylvie | Wirden, Pierre | Rouzioux, Christine | Meyer, Laurence | Chaix, Marie-Laure | Abel, S. | Abraham, B. | Antoniotti, A. | Armero, R. | Audhuy, B. | Aumaitre, H. | Beaucaire, G. | Beck-Wirth, G. | Berger, J.L. | Bernard, L. | Beuscart, C. | Bodard, L. | Bouchaud, O. | Boue, F. | Cabane, J.-P. | Cabié, A. | Champagne, H. | Cheneau, C. | Chennebault, J.-M. | Cheret, A. | Christian, B. | Compagnucci, A. | Daneluzzi, V. | Debab, Y. | Dellamonica, P. | Delfraissy, F. | Devidas, A. | Diab, G. | Doll, J. | Drobacheff-Thebaut, C. | Durel, A. | Esnault, L. | Faba, L. | Froguel, E. | Garipuy, D. | Garrait, V. | Geffray, L. | Genet, C. | Genet, P. | Gérard, L. | Ghosn, J. | Girard, J. | Girard, Pascal | Godin-Collet, C. | Hochedez, P. | Hoen, B. | Houlbert, D. | Jacomet, C. | Jeantils, V. | Jidar, K. | Klement, E. | Lafeuillade, A. | Launay, V. | Leprêtre, A. | Levy, Y. | Makhloufi, D. | Malbec, D. | Martha, B. | May, T. | Merrien, D. | Miailhes, P. | Miodovski, C. | Morlat, P. | Mortier, E. | Neau, D. | Obadia, M. | Patey, O. | Pellegrin, L. | Perronne, V. | Philibert, P. | Pialoux, G. | Pichancourt, G. | Piroth, L. | Poinsignon, Y. | Poizot-Martin, I. | Prazuck, T. | Prendki, V. | Du Clary, F. | Quinsat, D. | Regnier, A. | Reynes, J. | Rosenthal, E. | Rouveix, E. | Salmon, D. | Salanville, F. | Schmitt, L. | Simon-Coutellier, A. | Sotto, A. | Souala, F. | Stein, A. | Timsit, F. | de Truchis, P. | Uludag, A. | Vaillant, O. | Verdon, R. | Verlesch-Langlin, A. | Viard, J.-P. | Vittecoq, D. | Weiss, L. | Yéni, P. | Zucman, D. | Allavena, C. | Allegre, T. | Amri, I. | Autran, B. | Bacchus, C. | Blanc, C. | Bonne, S. | Bonne, B. | Bouchez, S. | Charlier, C. | Consigny, H. | Duvivier, C. | Fourn, E. | Guiroy, F. | Huleux, T. | Katlama, C. | Lascoux, C. | Leplatois, A. | Lyavanc, T. | Molina, J.-M. | Naqvi, A. | Nembot, G. | Quertainmont, Y. | Raffi, F. | Samri, A. | Schneider, L. | Seang, S. | Seksik, B. | Shoai-Tehrani, M. | Slama, L. | Valentin, A. | Yazdanpanah, Y. | Alloui, C. | Amiel, C. | André, P. | André, E. | Anies, G. | Barin, F. | Bellecave, P. | Bettinger, D. | Bouvier-Alias, M. | Brun-Vézinet, F. | Calmy, A. | Calvez, V. | Caveng, W. | Chaillon, A. | Chapalay, S. | Charpentier, C. | Costagliola, D. | Cottalorda, J. | Delamare, C. | Delaugerre, C. | Dina, J. | Santos, G. | Ferre, V. | Flandre, P. | Fleury, H. | Fourati, S. | Gaille, C. | Giraudeau, G. | Guigon, A. | Haim-Boukobza, S. | Lagier, E. | Le Guillou-Guillemette, H. | Henquell, C. | Izopet, Jacques | Lambert-Niclot, Lambert | Leroux, M. | Maillard, A. | Malet, I. | Marcelin, Marc | Marque-Juillet, S. | Masquelier, B. | Mirand, A. | Morand, P. | Montes, B | Mouna, L. | Noel, C. | Pallier, C. | Peytavin, G. | Pinson-Recordon, P. | Poveda, J. | Raymond, S. | Reigadas, S. | Roques, A. | de Rougemont, A. | Roussel, C. | Schmitt, P. | Schneider, V. | Schvoerer, E. | Signori-Schmuck, A. | Soulié, C. | Tamalet, C. | Tardy, C. | Trabaud, A. | Vabret, A. | Vallet, S. | Yerly, S. | Laboratoire de Microbiologie Clinique ; Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP) | Laboratoire de Virologie ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP) | Laboratoire de Virologie [CHU Necker] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP) | Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP) ; Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) | Laboratoire de Microbiologie Clinique [AP-HP Hôpital Necker-Enfants Malades] ; Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP) | Laboratoire de Virologie - ULR 3610 (Laboratoire de Virologie) ; Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille] (CHRU Lille) | Laboratoire de microbiologie [CHRU Orléans] ; Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHRO) | Laboratoire Virologie [CHU Toulouse] ; Institut Fédératif de Biologie (IFB) ; Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse] ; Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse) | CHU Rouen ; Normandie Université (NU) | Service de Bactériologie, Virologie, Hygiène [CHU Limoges] ; CHU Limoges | Université Paris Descartes - Faculté de Médecine (UPD5 Médecine) ; Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5) | Système membranaires, photobiologie, stress et détoxication (SMPSD) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Département de Pharmacie ; Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille] (CHRU Lille) | inconnu ; Inconnu | Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane) ; Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre / Abymes [Guadeloupe]-CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française] | Service des maladies infectieuses et tropicales ; Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers) ; PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM) | Hôpital l'Archet | Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Limoges] ; CHU Limoges | Infectious Diseases Department ; Université Montpellier 1 (UM1) | Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE) ; Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC) ; Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC) | Hôpital Jean Verdier [AP-HP] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP) | Laboratoire d'Ecologie Numérique et d'Ecotoxicologie ; Université de Lille, Sciences et Technologies-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB) ; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12) | Infectious diseases department ; Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon) | Bell Labs (BELL) ; Lucent Technologies | Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL) ; Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Unité de Biotechnologie, Biocatalyse et Biorégulation (U3B) ; Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Centre d'épidémiologie et de santé publique des armées [Marseille] (CESPA) ; Service de Santé des Armées | Service de Biochimie et d'Hormonologie [CHU Montpellier] ; Hôpital Lapeyronie [CHU Montpellier] ; Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier) | Département d'infectiologie (CHU de Dijon) ; Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon) | Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud) | Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP) ; Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) | Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP) ; Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | STMicroelectronics | Institut Méditerranéen d'Ecologie et de Paléoécologie (IMEP) ; Université Paul Cézanne - Aix-Marseille 3-Université de Provence - Aix-Marseille 1-Avignon Université (AU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | service pharmaceutique Hôpital Edouard Herriot, Hospices Civils de Lyon ; Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL] ; Hospices Civils de Lyon (HCL) | Virulence bactérienne et maladies infectieuses (VBMI) ; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM) | Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes] ; Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Pontchaillou] | Université de stuttgart ; Université de Stuttgart | Hôpital Raymond Poincaré [AP-HP] | Institut des Biomolécules Max Mousseron [Pôle Chimie Balard] (IBMM) ; Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Hôpital Foch [Suresnes] | Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Nantes] ; Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital (CHU Nantes) | Centre Hospitalier du Pays d'Aix | Nivologie (UR NIGR) ; Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et forêts (CEMAGREF) | Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker] ; Institut Pasteur [Paris] (IP)-Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP) | Centre Hospitalier Tourcoing | CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU) | Service de radiologie [Saint-Louis] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP) | Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint Louis] ; Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP) | Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice) | Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) | Lille - Economie et Management (LEM) ; 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Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP) | Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital (CHU Nantes) | Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers) ; PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM) | CHU Clermont-Ferrand | Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE) ; Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP) ; Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Epidémiologie, stratégies thérapeutiques et virologie cliniques dans l'infection à VIH ; Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) | Neuroimagerie cognitive (LCogn) ; Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) | Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)) ; Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) | Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) | Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM) ; Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC) | Service de Virologie [CHRU Nancy] ; Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy) | Unit of Virus Host Cell Interactions = Biologie structurale des interactions entre virus et cellule hôte (UVHCI) ; Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE) ; Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48 ; Institut des sciences biologiques - CNRS Biologie (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques - CNRS Biologie (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Laboratoire de Virologie Humaine et Moléculaire [Caen] ; CHU Caen ; Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN) | Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM) ; Université de Brest (UBO)