Combinatorial, additive and dose-dependent drug–microbiome associations
2021
Forslund, Sofia | Chakaroun, Rima | Zimmermann-Kogadeeva, Maria | Markó, Lajos | Aron-Wisnewsky, Judith | Nielsen, Trine | Moitinho-Silva, Lucas | Schmidt, Thomas | Falony, Gwen | Vieira-Silva, Sara | Adriouch, Solia | Alves, Renato | Assmann, Karen | Bastard, Jean-Philippe | Birkner, Till | Caesar, Robert | Chilloux, Julien | Coelho, Luis Pedro | Fezeu, Leopold | Galleron, Nathalie | Helft, Gerard | Isnard, Richard | Ji, Boyang | Kuhn, Michael | Le Chatelier, Emmanuelle | Myridakis, Antonis | Olsson, Lisa | Pons, Nicolas | Prifti, Edi | Quinquis, Benoit | Roume, Hugo | Salem, Joe-Elie | Sokolovska, Nataliya | Tremaroli, Valentina | Valles-Colomer, Mireia | Lewinter, Christian | Søndertoft, Nadja | Pedersen, Helle Krogh | Hansen, Tue | Gøtze, Jens Peter | Køber, Lars | Vestergaard, Henrik | Hansen, Torben | Zucker, Jean-Daniel | Hercberg, Serge | Oppert, Jean-Michel | Letunic, Ivica | Nielsen, Jens | Bäckhed, Fredrik | Ehrlich, S. Dusko | Dumas, Marc-Emmanuel, M.-E. | Raes, Jeroen | Pedersen, Oluf | Clément, Karine | Stumvoll, Michael | Bork, Peer | European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg] (EMBL) | Max Delbrück Center for Molecular Medicine [Berlin] (MDC) ; Helmholtz-Gemeinschaft = Helmholtz Association | Charité - UniversitätsMedizin = Berlin University Medicine | Berlin Institute of Health (BIH) | German Center for Cardiovascular Research (DZHK) ; Berlin Institute of Health (BIH) | Leipzig University / Universität Leipzig | Nutrition et obésités: approches systémiques (UMR-S 1269) (Nutriomics) ; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU) | CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU) | University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH) | University of New South Wales [Sydney] (UNSW) | Paul Scherrer Institute (PSI) | Catholic University of Leuven = Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven) | Universität Heidelberg [Heidelberg] = Heidelberg University | Nutritional Epidemiology Research Team | Equipe de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (EREN [CRESS - U1153 / UMR_A 1125]) ; Conservatoire National des Arts et Métiers [Cnam] (Cnam)-Université Sorbonne Paris Nord-Centre for Research in Epidemiology and Statistics | Centre de Recherche Épidémiologie et Statistiques (CRESS (U1153 / UMR_A 1125)) ; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA) ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU) | CHU Henri Mondor [Créteil] | Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases (ICAN) ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Cardiométabolisme et Nutrition = Institute of Cardiometabolism and Nutrition [CHU Pitié Salpêtrière] (IHU ICAN) ; CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU) | Göteborgs Universitet = University of Gothenburg (GU) | Imperial College London | MetaGenoPolis (MGP (US 1367)) ; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Université Paris-Saclay | Institut de cardiologie [CHU Pitié-Salpêtrière] ; CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU) | Chalmers University of Technology [Gothenburg, Sweden] | Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO) ; Université Gaston Berger de Saint-Louis Sénégal (UGB)-Université de Yaoundé I (UY1)-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Ile-de-France])-Université Cheikh Anta Diop de Dakar [Sénégal] (UCAD) | Centre d'investigation clinique Paris Est [CHU Pitié Salpêtrière] (CIC Paris-Est) ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU) | Centre for Research in Epidemiology and Statistics | Centre de Recherche Épidémiologie et Statistiques (CRESS (U1153 / UMR_A 1125)) ; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Biobyte Solutions [Heidelberg, Germany] (BS) | IT University of Copenhagen (ITU) | Sahlgrenska University Hospital [Gothenburg] | Metabolic functional (epi)genomics and molecular mechanisms involved in type 2 diabetes and related diseases - UMR 8199 - UMR 1283 (EGENODIA (GI3M)) ; Institut Pasteur de Lille ; Pasteur Network (Réseau International des Instituts Pasteur)-Pasteur Network (Réseau International des Instituts Pasteur)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | National Heart and Lung Institute [London] (NHLI) ; Imperial College London-Royal Brompton and Harefield NHS Foundation Trust | McGill University and Genome Quebec Innovation Centre | Helmholtz Institute Ulm (HIU) | Helmholtz Zentrum München = German Research Center for Environmental Health (HMGU) | Julius-Maximilians-Universität Würzburg = University of Würzburg [Würsburg, Germany] (JMU) | Yonsei University | MetaCardis Consortium*: Chloe Amouyal, Ehm Astrid Andersson Galijatovic, Fabrizio Andreelli, Olivier Barthelemy, Jean-Paul Batisse, Eugeni Belda, Magalie Berland, Randa Bittar, Hervé Blottière, Frederic Bosquet, Rachid Boubrit, Olivier Bourron, Mickael Camus, Dominique Cassuto, Cecile Ciangura, Jean-Philippe Collet, Maria-Carlota Dao, Morad Djebbar, Angélique Doré, Line Engelbrechtsen, Soraya Fellahi, Sebastien Fromentin, Pilar Galan, Dominique Gauguier, Philippe Giral, Agnes Hartemann, Bolette Hartmann, Jens Juul Holst, Malene Hornbak, Lesley Hoyles, Jean-Sebastien Hulot, Sophie Jaqueminet, Niklas Rye Jørgensen, Hanna Julienne, Johanne Justesen, Judith Kammer, Nikolaj Krarup, Mathieu Kerneis, Jean Khemis, Ruby Kozlowski, Véronique Lejard, Florence Levenez, Lea Lucas-Martini, Robin Massey, Laura Martinez-Gili, Nicolas Maziers, Jonathan Medina-Stamminger, Gilles Montalescot, Sandrine Moute, Ana Luisa Neves, Michael Olanipekun, Laetitia Pasero Le Pavin, Christine Poitou, Francoise Pousset, Laurence Pouzoulet, Andrea Rodriguez-Martinez, Christine Rouault, Johanne Silvain, Mathilde Svendstrup, Timothy Swartz, Thierry Vanduyvenboden, Camille Vatier, Stefanie Walther. | ANR-16-IDEX-0004,ULNE,ULNE(2016) | ANR-18-IBHU-0001,PreciDIAB,PreciDIAB Institute, the holistic approach of personal diabets care(2018)
International audience
Show more [+] Less [-]English. During the transition from a healthy state to cardiometabolic disease, patients become heavily medicated, which leads to an increasingly aberrant gut microbiome and serum metabolome, and complicates biomarker discovery1-5. Here, through integrated multi-omics analyses of 2,173 European residents from the MetaCardis cohort, we show that the explanatory power of drugs for the variability in both host and gut microbiome features exceeds that of disease. We quantify inferred effects of single medications, their combinations as well as additive effects, and show that the latter shift the metabolome and microbiome towards a healthier state, exemplified in synergistic reduction in serum atherogenic lipoproteins by statins combined with aspirin, or enrichment of intestinal Roseburia by diuretic agents combined with beta-blockers. Several antibiotics exhibit a quantitative relationship between the number of courses prescribed and progression towards a microbiome state that is associated with the severity of cardiometabolic disease. We also report a relationship between cardiometabolic drug dosage, improvement in clinical markers and microbiome composition, supporting direct drug effects. Taken together, our computational framework and resulting resources enable the disentanglement of the effects of drugs and disease on host and microbiome features in multimedicated individuals. Furthermore, the robust signatures identified using our framework provide new hypotheses for drug-host-microbiome interactions in cardiometabolic disease.
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This bibliographic record has been provided by Institut national de la recherche agronomique