EPPO‐Q‐bank: a curated database to support plant pest diagnostic activities | EPPO‐Q‐bank : une base de données de qualité pour soutenir les activités de diagnostic phytosanitaire
2024
Bertaccini, A. | van de Bilt, J., L. J. | Contaldo, N. | Cottyn, B. | Damm, U. | Duistermaat, H. | Giordano, L. | Giraldo Lopez, A. | Griessinger, D. | Grimault, V. | van Heese, E. | van Ingen-Buijs, V., A. | Kiewnick, S. | de Koning, P., P. M. | Menzel, W. | Pel, M., J. C. | Pierre, Eric | Quaglino, F. | Roenhorst, J., W. | Rousse, P. | Schroers, H., J. | Streito, J. C. | Trontin, C. | van Valkenburg, J. | Verloove, F. | van der Vlugt, R., A. A. | de Vos, P. | Department of Agricultural and Food Sciences [Bologna] ; Alma Mater Studiorum Università di Bologna = University of Bologna (UNIBO) | Netherlands Food and Consumer Product Safety Authority (NVWA) | Netherlands Institute for Vectors, Invasive Plants and Plant Health (NIVIP) | National Plant Protection Organization (NPPO) | CNR Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante [Torino, Italia] (IPSP) ; National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR) | Research Institute for Agricultural, Fisheries and Food (ILVO) | Senckenberg Museum of Natural History Görlitz ; Senckenberg – Leibniz Institution for Biodiversity and Earth System Research - Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung ; Leibniz Association-Leibniz Association | Naturalis Biodiversity Center [Leiden] | European and Mediterranean Plant Protection Organization - Organisation Européenne et Méditerranéenne pour la Protection des Plantes (EPPO) | Julius Kühn-Institut - Federal Research Centre for Cultivated Plants (JKI) | Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH / Leibniz Institute DSMZ-German Collection of Microorganisms and Cell Cultures (DSMZ) | Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Occitanie])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM) | Università degli Studi di Milano = University of Milan (UNIMI) | Unité entomologie et plantes invasives (LSV Montpellier) ; Laboratoire de la santé des végétaux (LSV) ; Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES) | Agricultural Institute of Slovenia | Meise Botanic Garden [Belgium] (Plantentuin) | Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR) | Universiteit Gent = Ghent University = Université de Gand (UGENT) | This database originally started as part of a Dutch project to strengthen the plant health infrastructure (Q-bank). Q-bank was launched in 2010 and further developed in the framework of the EU-funded project QBOL. The Dutch Ministry of Economic Affairs financed this project from 2011 to 2018. In September 2018, the EPPO Council agreed to transfer the database to EPPO. Data from the original Q-bank database was transferred to the EPPO-Q-bank database, which was launched in May 2019. | European Project: 226482,EC:FP7:KBBE,FP7-KBBE-2008-2B,QBOL(2009)
The EPPO-Q-bank database relies on the hard work and expertise of the curators, on researchers or diagnosticians that provide sequence data and on support from the relevant EPPO Panels on Diagnostics. If you are interested to become a curator of EPPO-Q-bank or if you have sequences or material to share, please contact us using the EPPO-Q-bank contact form: https://qbank.eppo.int/contact.
Show more [+] Less [-]International audience
Show more [+] Less [-]English. The increased risk of outbreaks of plant pests due to globalization and climate change requires up‐to‐date knowledge and quick and validated detection and identification methods. DNA barcoding and sequence analysis are increasingly used for diagnostics in phytosanitary laboratories. These methods use (short) genomic sequences specific to a well‐defined taxon for species identification. The EPPO‐Q‐bank database (https://qbank.eppo.int) supports plant pest diagnostics focusing on pests recommended for regulation in the EPPO region and their look‐alikes. It provides a wide range of information on specimens, isolates, strains or populations available in collections, including curated DNA barcodes/sequence data. The cornerstone of this database is its curation by a team of scientists with taxonomic, phytosanitary and diagnostic expertise from National Plant Protection Organizations and institutes with connections to relevant phytosanitary collections.
Show more [+] Less [-]French. Le risque accru d’apparition de foyers d’organismes nuisibles aux végétaux en raison de la mondialisation et du changement climatique nécessite des connaissances à jour et des méthodes de détection et d'identification rapides et confirmées. Le codage à barres de l'ADN et l'analyse de séquences ADN sont de plus en plus utilisés pour le diagnostic dans les laboratoires phytosanitaires. Ces méthodes utilisent de courtes séquences génomiques spécifiques à un taxon bien défini pour l'identification des espèces. La base de données EPPO‐Q‐bank ( https://qbank.eppo.int/ ) aide à diagnostiquer les organismes nuisibles aux plantes, en se concentrant sur ceux recommandés pour réglementation dans la région de l'OEPP et aux espèces qui leur ressemblent. Elle fournit de nombreuses informations sur les échantillons, les isolats, les souches ou les populations disponibles dans les collections, ainsi que des codes‐barres ou données de séquence ADN. L’élément clé de cette base de données est sa gestion par une équipe de scientifiques ayant une expertise taxonomique, phytosanitaire et diagnostique, issus d’Organisations Nationales de Protection des Végétaux et d’instituts ayant des liens avec les collections phytosanitaires pertinentes.
Show more [+] Less [-]Bibliographic information
This bibliographic record has been provided by Institut national de la recherche agronomique
