Détermination de protéines d'intérêt du système reproducteur de Gammarus fossarum par l'approche des réseaux de co-expression

[Departement_IRSTEA]Eaux [ADD1_IRSTEA]Systèmes aquatiques soumis à des pressions multiples [Encadrant_IRSTEA]Degli Esposti, D.

French. L'utilisation des réseaux de co-expression pour l'analyse de données protéomiques constitue une approche facilement reproductible et applicable sur des jeux de données variés. Le principe régissant l'organisation des réseaux est le regroupement de plusieurs noeuds liés les uns aux autres par des interactions quantifiables. Dans le cas de l'application de la science des réseaux aux données protéomiques, les noeuds correspondent aux protéines et les interactions à la co-expression, soit les relations existant entre les profils d'expression de protéines. L'objectif de la science des réseaux et de parvenir à construire des ensembles de protéines co-exprimées dans des modules. Ainsi, la modélisation du protéome du système reproducteur de Gammarus fossarum sous la forme de réseaux de co-expression a été utilisée pour extraire les modules biologiquement intéressants et pour étudier l'effet de contaminants sur les profils d'expression des modules. Lors de ce stage, les différentes méthodes de délimitation des modules ont été comparées, des modules biologiquement pertinents ont été sélectionnés à partir de leur relation avec un trait phénotypique et finalement, les caractéristiques des protéines les plus intéressantes de chaque module ont été résumées. Tout d'abord, l'obtention de trois types de modules, correspondant aux trois types tissulaires que sont les testicules, les ovaires et le tissu embryonnaire a démontré l'efficacité de l'approche des réseaux à modéliser de manière adaptée le protéome du système reproducteur. Ensuite, la configuration du réseau de co-expression modélisé a abouti à la sélection de trois modules : l'un impliqué dans le développement embryonnaire, le second potentiellement sensible au pyriproxifène et le dernier sensible à l'acétone. En particulier, les protéines P51400 et P48810 seraient importantes dans le développement embryonnaire, la protéine Q8N0N3, impliquée dans le système immunitaire, serait potentiellement sensible à la présence de pyriproxifène et les protéines P80888 et P83180, responsables du transport d'oxygène, seraient sensibles à l'acétone. Finalement, l'étude des réseaux de co-expression entreprise pendant ce stage permet d'ouvrir des pistes pour l'étude approfondie de protéines potentiellement essentielles au fonctionnement de processus biologiques fondamentaux chez une espèce modèle pour la qualité du milieu aquatique.