Genomic variability of Citrus tristeza virus (CTV) isolates introduced into Morocco [Citrus spp.]

English. Genomic variability of the coat protein gene of Citrus tristeza virus isolates obtained from old Meyer lemon introductions in Morocco and more recent budwood introductions from Spain was studied. The coat protein gene of the virus was amplified directly from infected tissue by immunocapture RT-PCR and analysed by single stranded conformation polymorphism (SSCP) and sequencing. Each isolate consisted of several related genomic variants, typical of a quasi-species. Although SSCP analysis has only limited typing ability, it could be used in an initial screening to discriminate between isolates of different origin and to analyse the genomic structure of each isolate. Sequence analysis showed that the isolates of Spanish origin were closely related to mild isolates characterised in Florida and in Portugal. The Meyer lemon isolate on the other hand was related to severe strains of Meyer lemon characterised in Florida some years ago and to other severe strains from Brazil. A knowledge of the coat protein gene sequence is useful to trace the origin of the isolates

Italian. [E´ stata studiata la variabilità genomica del gene della proteina di rivestimento di isolati del Virus della tristeza degli agrumi ottenuti da vecchie introduzioni di limone di Meyer e di accessioni da innesto più recenti provenienti dalla Spagna. Il gene della proteina di rivestimento del virus è stato amplificato direttamente dal tessuto infetto mediante immunocattura seguita da RT-PCR e analizzato mediante polimorfismo conformazionale della singola catena di DNA (SSCP) e sequenziamento. Ogni isolato consisteva di numerose varianti genomiche correlate, tipiche di una quasi-specie. Sebbene presenti una capacità limitata di tipizzazione, l´analisi SSCP potrebbe essere utilizzata in una selezione iniziale per discriminare fra isolati di origine diversa e per analizzare la struttura genomica di ogni isolato. L´analisi delle sequenze ha dimostrato che gli isolati di origine spagnola erano in relazione stretta con gli isolati non aggressivi caratterizzati in Florida e Portogallo. Al contrario, l´isolato del limone di Meyer risultava affine a ceppi patogeni del limone di Meyer caratterizzati in Florida alcuni anni fa e ad altri ceppi patogeni brasiliani. La conoscenza della sequenza del gene della proteina di rivestimento risulta utile per rintracciare l´origine degli isolati.]