Genomic fingerprinting of some Pseudomonas syringae pv. pisi strains from Sicily [Pisum sativum L.]
1998
Cirvilleri, G. | Catara, V. | Caldarera, G. | Caruso, P. (Catania Univ. (Italy). Istituto di Patologia Vegetale)
English. Pseudomonas syringae pv. pisi strains were characterized by pathogenicity tests on eight differential pea genotypes and by two genomic fingerprinting methods: PCR with REP and ERIC primers and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) of genomic DNA digested by rare-cutting restriction endonucleases. The study comprised reference type strains of all 7 known races and 21 strains obtained from field pea crops in Sicily. PFGE was the most discriminatory method, delineating 6 pulsed-field gel profiles not coinciding with races, whereas REP and ERIC PCR identified 2 profile types. All the P. syringae pv. pisi isolated in Sicily were identified as race 6 on the basis of pathogenicity tests and their genomic fingerprints by PFGE and REP and ERIC PCR were identical and more closely related to the type strains of races 3 and 6 than to those of the other races. The results are discussed in relation to improvement of detection methods and race-identification protocols
Show more [+] Less [-]Italian. Ceppi di Pseudomonas syringae pv. pisi, provenienti da collezioni internazionali e da coltivazioni di pieno campo in Sicilia, sono stati caratterizzati mediante saggi di patogenicita' su cultivar differenziati e mediante due tipi di analisi del genoma: amplificazione enzimatica del DNA (PCR) con primer REP ed ERIC ed elettroforesi in campo pulsato (PFGE) di microframmenti di restrizione del DNA. L'elettroforesi in campo pulsato ha portato alla identificazione di 6 distinti profili di restrizione non coincidenti con le razze, mentre la tecnica PCR ha consentito di identificarne due. Tutti i ceppi locali, identificati come razza 6 tramite i saggi di patogenicita', possedevano identici profili, a loro volta uguali o simili ai ceppi tipo delle razze 3 e 6, mentre differivano dalle altre razze tipo del patogeno. I risultati ottenuti vengono discussi per la loro utilita' nella diagnosi e nella identificazione delle razze del batterio
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