Mykobakteerien määrittäminen vesijohtoverkon biofilmeistä reaaliaikaisella PCR-menetelmällä

Syventävät opinnot tehtiin osana HAIVE-yhteistyöprojektia Helsingin yliopiston Eläinlääketieteellisen tiedekunnan peruseläinlääketieteen laitoksen, Haartman-instituutin virologian yksikön, Tampereen teknillisen korkeakoulun Bio- ja ympäristötekniikan laitoksen, Helsingin veden, Tampereen veden, Turun vesilaitoksen, Raision-Naantalin vesilaitoksen, Hämeenlinnan Seudun Vesi Oy:n, TAVASE Oy:n ja Oulun vesilaitoksen kanssa. HAIVE-projektin mykobakteerisouuden tavoitteena oli kehittää nopea detektointimenetelmä mykobakteerien määrittämiseksi vesijohtoverkon vedestä ja biofilmeistä. Määritykseen käytettiin reaaliaikaikaiseen PCR:ään perustuvaa tekniikkaa. Tämän työn tarkoituksena oli kehitetyn menetelmän käyttöönotto ja menetelmän käyttäjäystävällisyyden arviointi. Lisäksi tavoitteena oli kehittää HAIVE-projektin menetelmää erityisesti DNA:n eristysmenetelmän osalta. Biofilmeissä esiintyvien mykobakteerien havaitsemiseksi käytettiin kvantitatiivisen PCR:n (qPCR) lisäksi perinteisiä viljelymenetelmiä. Tutkimuksessa käytetty kirjallisuudesta sovellettu DNA:n eristysmenetelmä osoittautui tehokkaaksi biofilmien mykobakteerimäärien ollessa suuria mutta ongelmalliseksi silloin kun mykobakteerimäärät olivat vähäisiä. qPCR menetelmä osoittautui nopeaksi ja spesifiseksi menetelmäksi. Työssä tutkituista biofilmeistä ei löydetty mykobakteereita. Tulevaisuudessa DNA:n eristysmenetelmää on kehitettävä edelleen, sillä vesijohtoverkon biofilmeissä mykobakteerimäärät ovat todennäköisesti niin vähäisiä, että monivaiheisen DNA:n eristyksen seurauksena qPCR tulos saattaa olla virheellisesti negatiivinen. Tämän työn perusteella qPCR ei korvaa perinteisiä viljelymenetelmiä silloin kun näytteiden mykobakteerimäärät ovat vähäiset.