Microsatellite loci for identification of oil flax varieties of the breeding of V.S. Pustovoit All-Russian Research Institute of Oil Crops: selection of informative primers and optimal conditions for DNA PCR | Микросателлитные локусы для идентификации сортов льна масличного селекции ВНИИМК: подбор информативных праймеров и оптимальных условий ПЦР ДНК

English. The informative microsatellite loci and optimal conditions for DNA PCR in order to create molecular genetic passports of oil flax varieties bred by V.S. Pustovoit All-Russian Research Institute of Oil Crops were selected. Eight oil flax cultivars bred by the laboratory of oil flax breeding of V.S. Pustovoit All-Russian Research Institute of Oil Crops became the material for the research: 'VNIIMK 620', 'К4193', 'К4194', 'К4195', 'К4196', 'К4197', 'К4198', 'К4199'. The DNA was isolated from the plants at the stage of appearance of 4-6 leaves using CTAB buffer. We selected ten microsatellite loci for the research. As a result, the optimal annealing temperature was selected for each pair of primers in accordance with their nucleotide sequence. It varied from 58 to 60 deg. C. DNA PCR with these primers revealed 11 microsatellite loci in eight flax genotypes. Depending on the locus, the number of alleles varied from 2 to 4 (on average, 3 alleles per locus). The efficient number of n(e)alleles was from 1.42 to 3.22, and the index value of polymorphic information content of PIC was from 0.30 to 0.69. Three of eight cultivars were genetically heterogeneous. The analyzed cultivars mainly differed in the allelic condition of loci but two genotypes (K4196 and K4195) had an indistinguishable allelic composition in 11 SSR-loci. As a result, the studied markers can be used to create molecular genetic passports and to determine the genetic homogeneity of flax varieties bred by the V.S. Pustovoit All-Russian Research Institute of Oil Crops. However, they are not enough to distinguish closely related genotypes. It is necessary to conduct additional testing of other markers with a high polymorphismlevel.

Russian. Выполнен подбор информативных микросателлитных локусов и оптимальных условий ПЦР ДНК для создания молекулярно-генетических паспортов льна селекции ВНИИ масличных культур. Материалом для исследования служили восемь образцов льна масличного лаборатории селекции льна ВНИИМК: ВНИИМК 620, К4193, К4194, К4195, К4196, К4197, К4198, К4199. ДНК выделяли из растений, выращенных до стадии "елочки", с использованием СТАВ-буфера. Для проведения работы были выбраны 10 микросателлитных локусов. В результате работы для каждой пары праймеров, в соответствии с их нуклеотидной последовательностью, был произведен подбор оптимальной температуры отжига.Она составила от58 до 60 град. С. ПЦР ДНК с данными праймерами выявила 11 микросателлитных локусов у восьми генотипов льна. В зависимости от локуса число аллелей варьировало от 2 до 4 (в среднем 3 аллеля на локус). Эффективное число аллелей n(e) составило от 1,42 до 3,22, а значение индекса полиморфного информационного содержания PIC – от 0,30 до 0,69. Из восьми образцов три оказались генетически неоднородными. Проанализированные образцы в основном различались по аллельному состоянию локусов, но два генотипа (К4196 и К4195)имели неразличимый аллельный состав по 11 SSR-локусам. Таким образом, изученные маркеры могут быть использованы для создания молекулярно-генетических паспортов и определения генетической однородности сортов льна масличного селекции ВНИИМК. Однако их недостаточно для различения близкородственных генотипов. Необходимо провести дополнительную апробацию других маркеров, обладающих высоким уровнем полиморфизма.