Оценка применимости молекулярных методов диагностики возбудителя бактериоза винограда (болезнь Пирса) Xylella fastidiosa Wells et al., используемых в международной и отечественной практике | Detecting Xylella fastidiosa, a grape bacteriosis agent (Pierce disease) applicability evaluation of molecular methods used in international and domestic practice

English. The causative agent of grape bacteriosis (Pierce's disease) Xylella fastidiosa is a quarantine object that is absent on the territory of the partner countries of the Eurasian Economic Union. For effective diagnostics, harmonization of methods with international and regional diagnostic protocols is required, and the need for import substitution of recommended reagents should also be taken into account. In the course of research conducted on the basis of the All-Russian Plant Quarantine Center, 5 PCR tests with components of domestic production were optimized and their main performance criteria were determined according to the EPPO standard 7/098 (4). In addition, the validation of the commercial kit "Phytoscreen" (Syntol LLC, Russia) was carried out. The results of the applicability assessment showed high sensitivity of PCR-RV in accordance with Harper et al. (2010), Li et al. (2013), and Ouyang et al. (2013), which amounted to 10E2 CFU/ml, high specificity (no false positive or non-specific reactions were detected), as well as 100% accuracy in the experiment under repeatability conditions and intermediate precision. These tests will be included in the guidelines for the diagnosis of X. fastidiosa as qualifying. An increase in the sensitivity of PCR according to Li et al. (2013), with a reaction mixture of 5x MasCFE TaqMIX -2025 (Dialat Ltd., Russia) compared with the data presented in the TPS report (2018) should also be noted. In addition, it has been found that PCR-RV by Francis et al. (2006) and classical PCR by Minsavage et al. (1994) have an analytical sensitivity of 100% at a target concentration of 10E3 CFU/ml and 10E4 CFU/ml, respectively. The selectivity of all PCR-RV was revealed, except for the commercial kit "Phytoscreen" in relation to a lavender extract, which was characterized by inhibition of amplification.

Russian. Возбудитель бактериоза винограда (болезнь Пирса) Xylella fastidiosa – карантинный объект, отсутствующий на территории стран-партнеров Евразийского Экономического Союза. Для проведения эффективной диагностики требуется гармонизация методов с международными и региональными диагностическими протоколами, следует также учитывать необходимость импортозамещения рекомендуемых реагентов. В ходе исследований, проведенных на базе Всероссийского центра карантина растений, были оптимизированы 5 ПЦР-тестов с компонентами отечественного производства и определены их основные критерии эффективности согласно стандарту ЕОКЗР 7/098 (4). Дополнительно проведена валидация коммерческого набора "Фитоскрин" (ООО "Синтол", Россия). Результаты оценки применимости показали высокую чувствительность ПЦР-РВ в соответствии с Harper et al. (2010), Li et al. (2013), и Ouyang et al. (2013), которая составила 10E2 КОЕ/мл, высокую специфичность (не было обнаружено ложноположительных или неспецифичных реакций), а также 100%-ную в опыте прецизионность в условиях повторяемости и промежуточную прецизионность. Данные тесты войдут в методические рекомендации по диагностике X. fastidiosa как отборочные. Также следует отметить повышение чувствительности ПЦР по Li et al. (2013), с реакционной смесью 5х MasCFЕ TaqMIX -2025 ("Диалат Ltd.", Россия) по сравнению с данными, представленными в отчете TPS (2018). Кроме того, установлено, что ПЦР-РВ по Francis et al. (2006) и классическая ПЦР по Minsavage et al. (1994) имеют аналитическую чувствительность 100% при концентрации целевого объекта 10E3 КОЕ/мл и 10E4 КОЕ/мл соответственно. Выявлена селективность всех ПЦР-РВ, кроме коммерческого набора "Фитоскрин" по отношению к экстракту лаванды, который характеризовался ингибированием амплификации.