Intraspecific differentiation of the domestic rabbit (Oryctolagus Сuniculus) using IRAP-PCR | Внутривидовая дифференциация домашнего кролика (Oryctolagus Cuniculus) с использованием IRAP-PCR

English. Modern breeding work with farm animal species is moving towards the more intensive production of new forms, in particular the creation of new breeds and synthetic crosses. This requires developing methods for identifying the "gene pool standard" of a breed based on the most polymorphic genomic sites. The aim of the study was to analyze the genomes of domestic rabbit breeds and the Rodnik cross using primers that can be associated with the formation of G4 quadruplexes. Thus, we examined the polymorphism of genomic sites homologous to fragments of long terminal repeats of 7 retrotransposons (Sabrina111, Sabrina 1336, Bare 123A, LTR IR, Sabrina, GlossyL, LTR OR2) and DNA transposon Helitron in retrotransposons (Sabrina111, Sabrina 1336, Bare 123А, LTR IR, Sabrina, GlossyL, LTR OR2) in 3 rabbit breeds (Sovetskaya Shinshilla, Californyiskaya and Belyi velikan) as well as the new synthetic three-breed cross Rodnik by polylocus genotyping (100 males and 100 females were examined in total). The Sabrina primer has a high polymorphism score and high polymorphic information content (PIC) (0.4125 on average). So in the synthetic cross, the highest proportion of polymorphic loci (PPL) rates were among Sabrina and LTR IR primers and were 87.5%, as well as in the Belyi velikan and the Sovetskaya Shinshilla, while in the Californyiskaya breed, Sabrina stood out at 87.5% and Sabrina 1336 at 71.42%, but the PIC polymorphism rate was higher in the Helitron primer at 0.495. The data obtained indicate that primers with a potential predisposition to form G4 quadruplexes reveal an increased polymorphism in all examined rabbit breeds, thus suggesting an increased information content of such markers in the genotyping of farm animal species.

Russian. Современная селекционная работа с животными с.-х. видов идет по направлению интенсификации получения новых форм, в частности создания новых пород и синтетических кроссов, что требует разработки методов выявления "генофондного стандарта" породы на основе наиболее полиморфных геномных участков. Цель исследования - анализ геномов отечественных пород кроликов и кросса Родник с использованием праймеров, которые могут быть связаны с образованием вторичных структур ДНК, G4 квадруплексов. Так, рассмотрен полиморфизм геномных участков, гомологичных фрагментам длинных концевых повторов 7 ретротранспозонов (Sabrina111, Sabrina 1336, Bare 123А, LTR IR, Sabrina, GlossyL, LTR OR2) и ДНК-транспозона Helitron, у трех пород кроликов (советская шиншилла, калифорнийская и белый великан), а также полученного на их основе нового синтетического трехпородного кросса Родник методом полилокусного генотипирования (всего исследованы 100 самцов и 100 самок). Праймер Sabrina имеет высокий показатель полиморфизма - полиморфное информационное содержание (PIC) (0,4125 в среднем). Так у синтетического кросса самые высокие показатели доли полиморфных локусов (ДПЛ) были среди праймеров Sabrina и LTR IR и равнялось 87,5%, так же как у белого великана и советской шиншиллы, при этом у калифорнийской породы выделялись Sabrina- 87,5% и Sabrina 1336- 71,42%, однако по показателю PIC полиморфизм выше у праймера Helitron - 0,495. Получены данные, свидетельствующие о том, что праймеры с потенциальной предрасположенностью к образованию G4 квадруплексов, выявляют повышенный полиморфизм у всех исследуемых пород кроликов, тем самым предполагая повышенную информативность подобных маркеров в генотипировании с.-х. видов животных.