Detection of bacteriosis pathogens significant for grain export and a complex of associated microorganisms in grain crops (on the example of Timiryazevskaya field experimental station) | Выявление значимых для экспорта зерна возбудителей бактериозов и комплекса сопутствующих микроорганизмов в посевах зерновых культур (на примере Тимирязевской полевой опытной станции)

English. Влажные и умеренно теплые условия летнего периода в Центральном регионе России идеально подходят для развития бактериозов. Работа посвящена выявлению и идентификации бактерий в образцах зерновых культур, возделывавшихся на Тимирязевской полевой опытной станции (г. Москва) в 2020 г. Идентификацию бактерий проводили посредством секвенирования ампликонов, полученных в результате ПЦР с парами праймеров PSF/PSR, SyD1/SyD2 и 8UA/519B и сравнения полученных последовательностей с помощью сервиса BLAST с последовательностями, размещенными в GenBank (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov). В результате собраны 55 образцов зерновых культур, выделен и идентифицирован 171 бактериальный изолят, в том числе до вида идентифицированы 34 изолята. Бактериальное разнообразие представлено 14 видами. Среди них - фитопатогены Pantoea ananatis, Clavibacter michiganensis, Rhodococcus fascians, Pseudomonas trivialis, Pseudomonas viridiflava и Pseudomonas syringae. Наибольшая частота встречаемости - 70,9% отмечена у видов, относящихся к роду Pseudomonas. Также высокой частотой встречаемости характеризуются представители родов Frigoribacterium (36,4%), Clavibacter (16,4%), Arthrobacter (12,7%) и Rhodococcus (10,9%). Результаты исследования могут быть использованы при разработке быстрых и достоверных способов диагностики особо опасных и значимых для экспорта зерна видов бактерий. Кроме того, в процессе исследования выделены бактерии, принадлежащие определенным родам, но не относящиеся ни к одному из известных видов, что делает их перспективными для дальнейшего изучения и возможности описания новых видов - представителей микробиоты зерновых культур.

Russian. Humid and moderately warm summer conditions in the Central region of Russia are ideal for the development of bacteriosis. The work is devoted to the detection and identification of bacteria in samples of grain crops that were cultivated at the Timiryazevskaya field experimental station (Moscow) in 2020. Bacteria were identified by sequencing the amplicons obtained by PCR with primer pairs PSF/PSR, SyD1/SyD2, and 8UA/519B and comparing the resulting sequences using the BLAST service with sequences posted in GenBank (https://blast.ncbi.nlm. nih.gov). As a result, 55 samples of grain crops were collected, 171 bacterial isolates were isolated and identified, including 34 isolates identified to species. Bacterial diversity is represented by 14 species. Among them, there are phytopathogens Pantoea ananatis, Clavibacter michiganensis, Rhodococcus fascians, Pseudomonas trivialis, Pseudomonas viridiflava and Pseudomonas syringae. The highest frequency of occurrence, 70.9%, was noted in species belonging to the genus Pseudomonas. Representatives of the genera Frigoribacterium (36.4%), Clavibacter (16.4%), Arthrobacter (12.7%) and Rhodococcus (10.9%) also have a high frequency of occurrence. The results of the study can be used in the development of fast and reliable methods for diagnosing especially dangerous and important bacterial species for grain export. In addition, during the study, bacteria were isolated that belong to certain genera, but do not belong to any of the known species, which makes them promising for further study to describe new species in the microbiota of grain crops.