Caractéristique et identification des Fusarium isolés sur des plants de houblon en dépérissement

Le houblon est une plante pérenne dioïque dont les fleurs femelles sont utilisées comme épice aromatique dans les processus brassicole. La région Alsace assure 1,3% de la production mondiale. Cependant le houblon est sujet à des pathologies d'origine fongique. Les épisodes pathologiques se traduisent par le dépérissement des lianes et par conséquent des pertes importantes de rendement. Une collection de champignons filamenteux a été crée à partir de prélèvements effectués sur des plants de houblon malades. Au sein de cette collection, 12 souches présentent des éléments caractéristiques du genre Fusarium: couleur, morphologie des macroconidies. La détermination de l'espèce est un indice important dans la définition de la flore fongique pathogène. Par amplification PCR de la zone ITS1 à partir d'ADN génomique, selon la méthode proposée par Hue et al. (1999), il a été montré que les douze candidats appartenaient effectivement au genre Fusarium. Les premiers essais ont étés réalisés par une méthode de référence CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequences) basée sur le cluster rDNA (Edel et al., 1996). Neuf de nos isolats appartiennent aux espèces: Fusarium sambucinum, F. graminearum, F. sporotrichoides et F. avenaceum. Cependant, trois espèces n'ont pu être déterminées par cette méthode. Les gènes codant la cellobiohydrolase-C sont utilisés pour le développement d'une nouvelle méthode. Les fragments de cellobiohydrolase-C des 12 souches de la collection sont amplifiés par PCR grâce à des oligonucléotides dégénérés. L'analyse par CAPS de ces fragments permet de différencier clairement cinq groupes dans notre collection. Des expériences de western blot utilisant un anticorps dirigé contre un peptide provenant de la cellobiohydrolase-C de F. graminearum, montrent cinq profils différents dans les surnageants de culture de nos isolats. La combinaison de ces deux techniques permet de définir six espèces dans notre collection. En effet, F. tricinctum et F. venenatum sont différentiables des quatre autres espèces déjà définies. Ces souches ont été par la suite identifiées par CABI Bioscience (Egham, UK). La combinaison de ces deux techniques permet donc d'obtenir une identification rapide et fiable pour les espèces étudiées sans recourir aux techniques d'isolement des souches. (Texte intégral)