Isolement et étude moléculaire de souches des virus de la clavelée et de l'ecthyma contagieux en Tunisie

L'élevage des petits ruminants est touché par plusieurs pathologies infectieuses cutanées. En Tunisie, la clavelée et l'ecthyma contagieux représentent deux maladies virales importantes à étudier vu leur allure enzootique et la perte économique qu'elles entraînent au secteur de l'élevage. L'étude de souches virales de ces deux atteintes cutanées par application et comparaison de méthodes de diagnostic reflète le but de notre travail expérimental. L'enquête épidémiologique de foyers infectieux réalisée pendant une année sur l'ensemble du pays a permis la récolte de 23 et 40 prélèvements suspects respectivement d'ecthyma contagieux et de clavelée. Ces prélèvements sont des croûtes et des papules issues d'animaux présentant des lésions cutanées évoquant les deux maladies. L'isolement viral est réalisé sur cellules primaires de testicules d'agneaux par inoculation de 1 ml de filtrat de croûtes ou de papules élaborées; 12 jours après, un deuxième passage sur culture primaire est effectué pour chaque prélèvement. La microscopie électronique, par coloration négative, vient appuyer le résultat de la culture cellulaire (effet cytopathogène) en visualisant des particules virales peur 3 échantillons de clavelée et 5 d'ecthyma. La morphologie interne du virus est étudiée par coloration positive, sur des coupes ultra fines réalisées à partir de cellules inoculées par ces 8 échantillons. L'identification par PCR d'ADN viral extrait à partir de 5 souches d'ecthyma contagieux, de 7 souches de clavelée et de la souche vaccinale sheeppox marocaine utilisée en Tunisie a été également effectuée. Le premier diagnostic établi par PCR est l'identification du gène de la thymidine kinase TK représenté dans la majorité des poxvirus. Ensuite, on a essayé l'identification d'un gène codant pour un analogue de récepteurs aux chimiokines (récepteur à l'IL8) spécifique des capripoxvirus mais qui reste a démontrer chez les parapoxvirus. Enfin, le gène de l'enveloppe externe de l'orf virus a été détecté dans tous les prélèvements. Le séquençage est réalisé en utilisant un séquenceur automatique d'acides nucléiques. Le matériel génétique séquence est traduit ensuite en acides aminés. Cette partie n'est réalisée que sur un fragment du gène récepteur aux chimiokines. Pour 7 souches de terrain suspectées en matière de clavelée et la souche marocaine, la PCR a présenté un résultat positif pour l'identification des gènes de la TK et de la chimiokine; par contre ces derniers ne sont pas identifiés au niveau des 5 souches virales d'ecthyma contagieux confirmées par PCR sur le gène de l'enveloppe externe des parapoxvirus. Le séquençage du gène récepteur aux chimiokines a montré que les 7 souches de capripoxvirus clavelée et la souche vaccinale marocaine présentent une homologie supérieure à 99,7% sur la séquence nucléotidique et de 100% sur la séquence en acides aminés. Sur la séquence nucléotidique, ces souches sont homologues à 97,4% de la souche vaccinale Kenya Sheeppox I. La variation en acides aminés se traduit par 7 substitutions sur 158 (4 mutations de bases restent silencieuses). (Texte intégral)