Modélisation du paysage agricole et inférence du risque pour l'accompagnement des réseaux d'Épidémiosurveillance : application au paysage agrumicole réunionnais

La surveillance des maladies de plantes est un enjeu majeur de la sécurité alimentaire. Bien que les méthodes de surveillance aient été grandement améliorées au cours de la dernière décennie, notamment avec la surveillance basée sur le risque, mettre en place une surveillance efficace n'est pas évident dans certaines régions. La Réunion est un excellent exemple de ces territoires où l'organisation de la surveillance des maladies des plantes est un défi en raison de sa position de DROM, avec un paysage très hétérogène et de faibles ressources. Depuis 2012, le Huanglongbing (HLB), causé par la bactérie Candidatus Liberibacter, est en réémergence dans les vergers d'agrumes de la Réunion et les services de l'État doivent organiser la surveillance d'un parcellaire agrumicole fragmenté, hétérogène et ce en tenant compte des politiques locales. Nous montrerons ici les méthodes développées pour améliorer la connaissance de la parcelle, et ainsi mieux comprendre les voies épidémiologiques potentielles. L'approche de photo-interprétation d'images satellites et de confirmation sur le terrain a permis de consolider la base de données incomplète existante. Nous montrerons également comment la surveillance basée sur le risque peut guider l'échantillonnage. Dans le cadre de la surveillance du HLB à la Réunion, une liste des parcelles les plus connectées a été utilisée pour cibler l'échantillonnage des zones les plus susceptibles d'être des noeuds épidémiologiques. Nous avons pu montrer grâce à des algorithmes d'apprentissage que l'altitude et la connectivité sont des variables d'importance majeure pour expliquer l'état de santé des agrumes. De plus, l'implication des jardins des particuliers dans l'épidémie a été mise en évidence, appuyant le fait que la seule surveillance du compartiment agricole n'était pas suffisante. Une évaluation du système de surveillance a également été réalisée en utilisant la méthode OASIS. Cela nous a permis de mettre en lumière le bon fonctionnement du noyau de la chaine de surveillance malgré des prises de positions dans l'organisation centrale à définir et une communication auprès du grand public qui reste à améliorer.