Testing markers to characterize microbial communities in food ecosystems using a metagenomics approach
2020
Vincent, Claire | Casaregola, Serge | Coton, Monika | Delbès, Céline | Devillers, Hugo | Dugat-Bony, Eric | Guezenec, Stephane | Howell, Kate | Irlinger, Francoise | Legras, Jean-Luc | Loux, Valentin | Michel, Elisa | Mounier, Jerome | Neuvéglise, Cécile | Nidelet, Thibault | Pawtowski, Audrey | Renault, Pierre | Sicard, Delphine | Zagorec, Monique | Rué, Olivier | Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE) ; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS) ; AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM) ; Université de Brest (UBO EPE) | Unité Mixte de Recherche sur le Fromage (UMRF) ; VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Sciences Pour l'Oenologie (SPO) ; Université de Montpellier (UM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro) | Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE) ; Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Laboratoire Génie des Matériaux et Procédés Associés (LGMPA) ; Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes (EPUN) ; Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN) | Microbiologie et Génétique Moléculaire (MGM) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Agronomique Paris-Grignon (INA P-G)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | SECurité des ALIments et Microbiologie (SECALIM) ; École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
International audience
Show more [+] Less [-]English. While metabarcoding is commonly used to describe prokaryotes in the microbiome of many environments, methods for describing micro-eukaryote diversity is lacking and requires better methodology and standardisation. One reason is that the universal fungal barcode, the Internal Transcribed Spacer (ITS) region, displays considerable size variation among yeasts and other micro-eukaryotes. There are also several repeats leading to sequencing errors or termination. Additionally, the ITS databases are far from complete, especially for Ascomycota that are commonly found in food. Other rDNA barcodes have been used but often do not harbor enough polymorphism to identify taxa at the Species level. In food, microbiota are usually composed of a reduced number of species compared to wild environments. Identifying micro-eukaryotes at the Species level, and potentially strain level, is therefore necessary.
Show more [+] Less [-]Bibliographic information
This bibliographic record has been provided by AgroParisTech