SOP-003 water sampling on board ship

English. Genetic analysis of marine water samples based on eDNA methods assumes that samples are taken in a very clean and conscientious way avoiding every potential risk of contamination with other eDNA molecules that do not belong to the respective water sample. A rosette sampler with a CTD sensing system that is equipped with 5-L-Niskin bottles is used for water sampling. Samples are collected at the desired stations during surveys on research vessels. To prove the absence of DNA contamination every survey should include a sampling control from each Niskin bottle used. Careful cleaning of used gears, materials and surrounding areas is a main requirement to yield reliable results in genetic downstream analysis. To guarantee the traceability of the samples, correct labelling and documentation of water sampling are needed.

German. Die genetische Analyse von Meerwasserproben mit eDNA-Methoden setzt voraus, dass die Proben sehr sauber und gewissenhaft entnommen werden, um jedes potenzielle Risiko einer Kontamination mit anderen eDNA-Molekülen zu vermeiden, die nicht zu der jeweiligen Wasserprobe gehören. Für die Wasserprobenahme wird ein Rosetten-Sammler mit einem CTD-Sensorsystem verwendet, der mit 5-L-Niskin-Flaschen ausgestattet ist. Die Proben werden an den gewünschten Stationen während der Untersuchungen auf den Forschungsschiffen gesammelt. Um nachzuweisen, dass keine DNA-Kontamination vorliegt, sollte bei jeder Untersuchung eine Probenahmekontrolle aus jeder verwendeten Niskin-Flasche durchgeführt werden. Die sorgfältige Reinigung der verwendeten Geräte, Materialien und der umliegenden Bereiche ist eine wichtige Voraussetzung, um zuverlässige Ergebnisse bei der genetischen Analyse im Anschluss zu erzielen. Um die Rückverfolgbarkeit der Proben zu gewährleisten, ist eine korrekte Kennzeichnung und Dokumentation der Wasserproben erforderlich.