Desenvolvimento de primers para detecção de Xanthomonas axonopodis pv. malvacearum | Primers development detection of Xanthomonas axonopodis pv. malvacearum

Dissertação apresentada à Universidade Federal de Lavras, como parte das exigências do Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, área de concentração em Fitopatologia, para a obtenção do título de Mestre.

The seed is the main vehicle for the introduction of Xanthomonas axonopodis pv. malvacearum (Xam) in the cotton field. The bacterium can be seed-associated extern or internally and both forms are equally efficient in the disease transmission. The PCR technique allows the early pathogen detection, even before symptoms appear in the plant, in a faster, easier and higher sensibility level if compared to the traditional plating methods, resulting in a saving in time and money of the identification and diagnosis. The objective, in this work was the development of specific primers for detection of Xam in cotton seed. For such, primers were designed and tested for specificity and sensitivity in nineteen strains of Xam belonging to the States MG, SP, GO, MT e PR, three of X. campestris pv. viticola (Xcv), two of X. axonopodis pv. phaseoli, X. campestris pv. campestris, one of X. axonopodis pv. vesicatoria, X. axonopodis pv. glycines, Ralstonia solanacearum, Pectobacterium spp., Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis and Curtobacterium flaccumfaciens pv flaccumfaciens. The primers XMAL970-2F/1R showed positive results for 18 out of the 19 Xam strains, no amplification to the other genera and species was observed, but the patovar viticola. However, Xam and Xcv presented the same band, this bacterium can be differentiated by host, being the patovar viticola pathogenic to grapevine. The strain IBSBF 1733, yielded an estimated 2000 nt fragment not characteristic of Xam. The PCR technique allowed to detect until 10 ng of Xam, when the designed primer pair XMAL970-2F/1R was used, yielding an estimated 903 nt band.

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (FAPEMIG)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Fitopatologia

A semente é um dos principais veículos de introdução de Xanthomonas axonopodis pv. malvacearum (Xam) nas lavouras de algodão. A bactéria pode estar associada às sementes, tanto externa como internamente, sendo ambas as formas igualmente eficientes na transmissão da doença. A técnica de PCR tem permitido a detecção precoce de patógenos antes mesmo do surgimento dos sintomas na planta, de forma mais rápida, fácil e com um alto nível de sensibilidade, se comparada aos métodos tradicionais, trazendo economia de tempo e dinheiro nos trabalhos de diagnose e identificação. Objetivou-se, com este trabalho, o desenvolvimento de primers específicos para a detecção de Xam em sementes de algodão. Para tanto, primers foram desenhados e testados quanto à especificidade e à sensibilidade em dezenove isolados de Xam pertencentes aos estados de MG, SP, GO, MT e PR, três de X. campestris pv. viticola (Xcv), dois de X. axonopodis pv. phaseoli, X. campestris pv. campestris, um de X. axonopodis pv. vesicatoria, X. axonopodis pv. glycines, Ralstonia solanacearum, Pectobacterium spp., Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis e Curtobacterium flaccumfaciens pv flaccumfaciens. Os primers XMAL970-2F/1R apresentaram resultados positivos para 18 dos 19 isolados de Xam, não amplificando para os demais gêneros e espécies, exceto para o patovar viticola. Embora Xam e Xcv apresentem as mesmas bandas, essas bactérias podem ser diferenciadas pelo hospedeiro, sendo o patovar viticola patogênico a videira. O isolado IBSBF 1733 produziu um fragmento de, aproximadamente, 2000 pb, não característico de Xam. A técnica PCR é capaz de detectar até 10 ng de Xam, quando se emprega o par de primers desenhado XMAL970-2F/1R, permitindo a amplificação de uma banda de, aproximadamente, 903pb.