Molecular variation of lipoxygenase-associated genes in grain of commercial Mexican soybean cultivars | Variación molecular de genes asociados a lipoxigenasas en grano de variedades de soya comercial mexicana | Variação molecular de genes associados a lipoxigenases em grãos de variedades comerciais de soja mexicana

English. Lipoxygenase enzymes encoded by the Lox1, Lox2 and Lox3 genes play a crucial role in soybean grain, particularly in the development of off-flavors. Understanding molecular variation within Lox genes is essential for the improvement of soybean organoleptic traits. This study investigated the genetic variation in the internal regions of the Lox1, Lox2, and Lox3 genes in mature grain of commercially grown soybean cultivars in Mexico. Genomic DNA from a diverse panel of Mexican soybean cultivars was analyzed using resequencing techniques and in-silico analysis. Single nucleotide polymorphisms (SNP) within the Lox1, Lox2, and Lox3 genes were identified and characterized. The findings indicated that Lox3 gene displayed lower genetic variability compared to Lox1 and Lox2 genes, specifically, was identified a total of 26 SNPs in the Lox1 gene, 11 SNPs in the Lox2 gene, and 5 SNPs in the Lox3 gene among the examined cultivars. A non-synonymous SNP variant of the C/C genotype located in exon 6 of the Lox2 gene was associated with a destabilizing effect on the lipoxygenase 2 enzyme in the Guayparime S-10 and Huasteca 300 cultivars. These findings provide insights into the molecular variation of lipoxygenase-associated genes in Mexican soybean cultivars.

Spanish; Castilian. Las enzimas lipoxigenasas codificadas por los genes Lox1, Lox2 y Lox3 desempeñan un papel crucial en el grano de soya, particularmente en el desarrollo de sabores desagradables. Comprender la variación molecular dentro de los genes Lox es esencial para el mejoramiento de las caracteristicas organolepticas de la soya. Este estudio investigó la variación genética en las regiones internas de los genes Lox1, Lox2 y Lox3 en grano maduro de variedades de soya cultivados comercialmente en México. Se analizó el ADN genómico de un panel diverso de variedades de soya mexicanas mediante técnicas de resecuenciación y análisis in silico. Se identificaron y caracterizaron polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) dentro de los genes Lox1, Lox2 y Lox3. Los hallazgos indicaron que el gen Lox3 mostró una menor variabilidad genética en comparación con los genes Lox1 y Lox2; específicamente, fueron identificados un total de 26 SNPs en el gen Lox1, 11 SNPs en el gen Lox2 y 5 SNPs en el gen Lox3 entre las variedades examinadas. Un SNP no sinónimo variante del genotipo C/C ubicado en el exón 6 del gen Lox2, fue asociado con un efecto desestabilizador en la enzima lipoxigenasa 2 en las variedades Guayparime S-10 y Huasteca 300. Estos hallazgos proporcionan información sobre la variación molecular de los genes asociados a las lipoxigenasas en variedades de soya mexicanas.

Portuguese. As enzimas lipoxigenases codificadas pelos genes Lox1, Lox2 e Lox3 desempenham um papel crucial na grão de soja, particularmente no desenvolvimento de sabores estranhos. Compreender a variação molecular dentro dos genes Lox é essencial para a melhoria das características organolépticas da soja. Este trabalho visou pesquisar a variação genética nas regiões internas dos genes Lox1, Lox2 e Lox3 em grãos maduros de variedades de soja cultivadas comercialmente no México. O DNA genômico de um painel diversificado de variedades mexicanas de soja foi analisado usando técnicas de ressequenciamento e análise in silico. Foram identificados y caracterizados polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) nos genes Lox1, Lox2 e Lox3. Os resultados indicaram que o gene Lox3 apresentou menor variabilidade genética em comparação com os genes Lox1 e Lox2, especificamente, um total de 26 SNPs no gene Lox1, 11 SNPs no gene Lox2 e 5 SNPs no gene Lox3 foram identificados entre as variedades examinadas. Uma variante SNP não-sinônima do genótipo C/C localizada no exon 6 do gene Lox2 foi associada a um efeito desestabilizador na enzima lipoxigenase 2 nas variedades Guayparime S-10 e Huasteca 300. Estes interesantes ressultados proporcionam informações sobre a variação molecular dos genes associadas a lipoxigenases nas variedades mexicanas de soja.