The use of repetitive elements PCR fingerprinting (rep-PCR) for genetic subtyping of German field isolates of Paenibacillus larvae subsp. larvae | Utilisation des techniques d'empreinte génétique pour différencier des isolats allemands de Paenibacillus larvae subsp. larvae

French. La loque américaine (LA) est une maladie du couvain d'abeilles causée par la bactérie sporulante Gram-positive Paenibacillus larvae subsp. larvae. Bien que la LA représente une menace sérieuse pour l'Abeille domestique dans le monde entier, il n'existe à l'heure actuelle que peu de travaux d'épidémiologie, en particulier d'épidémiologie moléculaire. L'identification d'un agent pathogène est importante pour déterminer la source d'infection, pour reconnaître des souches particulièrement virulentes et pour superviser les programmes de lutte. Les études génétiques permettent de déterminer précisément l'origine d'un agent pathogène et sa mutabilité. Une méthode souvent utilisée pour identifier le génotype des procaryotes est la rep-PCR, dans laquelle des éléments répétitifs particuliers, présents dans le génome de la bactérie, sont amplifiés par une réaction spécifique de PCR. Par le choix approprié des éléments répétitifs et l'utilisation des amorces correspondantes il est possible de caractériser la bactérie par les motifs des bandes spécifiques d'une souche ou d'un sous-type. Dans ce travail la rep-PCR a été utilisée avec les amorces BOX AIR, MBO REPI et ERIC pour caractériser le génotype d'isolats de P. l. larvae provenant d'épidémies de LA de différentes régions d'Allemagne. Les trois amorces ont fourni des motifs de bandes reproductibles. L'analyse par PCR de l'ADN de P. l. larvae avec l'amorce BOX AIR a donné trois génotypes différents (A, a et alpha), tandis que les amorces MBO REPI et ERIC ont permis chacune de différencier deux génotypes (B et b d'une part, E et e d'autre part). Au total on a pu identifier quatre souches génotypiquement différentes : AB(E), Ab(e), ab(e) et alphaB(E). Ces quatre génotypes ne sont pas répartis en Allemagne au hasard, mais sont regroupés géographiquement. Le type AB a été identifié principalement dans la partie occidentale de l'Allemagne, alors que les type ab et Ab prédominent dans la partie orientale. Le type alphaB n'a pu être mis en évidence que dans un seul cas de LA dans le nord de l'Allemagne. Une analyse de la morphologie des colonies de P. l. larvae cultivées sur le milieu CSA (gélose au sang de mouton Columbia) et le classement de ces résultats selon les différents génotypes a montré que le morphotype normal (Type I: couleur gris-blanchâtre, surface granuleuse et forme convexe) est présent dans les groupes AB, ab et alphaB. Environ 25 pour cent des échantillons présentaient un morphotype totalement différent (type II : incolore transparent, surface légèrement brillante, forme totalement plate). Ce type peut être assigné au génotype ab. Puisque les classifications phénotypiques ont une pertinence limitée, d'autres études devront montrer si cette assignation reste valable. Les recherches montrent qu'il est possible et significatif d'établir une épidémiologie moléculaire de P. l. larvae en se basant sur la méthode de rep-PCR avec l'utilisation des amorces BOX AIR et MBO REPI. On a réussi pour la première fois à classer les populations de P. l. larvae présentes en Allemagne en souches génétiquement différenciables, ce qui crée des bases pour des travaux ultérieurs d'épidémiologie de P. l. larvae. On peut maintenant étudier si ces différentes souches ont des virulences variables