Linkage disequilibrium between SSR markers in six pools of elite lines of an European breeding program for hybrid maize [Zea mays L.; Simple Sequence Repeats]

English. Detailed knowledge about the patterns and distribution of linkage disequilibrium (LD) is of fundamental importance for mapping of genes by whole-genome association studies. In this study, we (i) analyzed the molecular genetic diversity, (ii) investigated the patterns and distribution of LD in elite maize inbreds and (iii) assessed the prospects of association mapping methods in breeding materials. Six germplasm pools with a total of 497 elite lines of a commercial breeding program in Europe were fingerprinted by 81 SSR markers covering the entire maize genome. The extent of LD among marker loci was estimated by different measures of LD. Across all germplasm pools, the SSR markers were highly polymorphic, and four groups of inbred lines were detected by principal component and Bayesian cluster analysis. We detected genome-wide LD among pairs of loci. LD between linked markers decreased not only with distance but also with a smaller number of alleles and lower gene diversity. In conclusion, association mapping via a genome-wide scan may be applied to detect associations between marker and traits, but LD between unlinked loci will most likely result in high rates of false positives

Italian. [Una conoscenza dettagliata sulla struttura e la distribuzione del disequilibrio di linkage (LD) è di fondamentale importanza per la mappatura genica mediante studi di associazione di tutto il genoma. In questo studio, noi (i) abbiamo analizzato la diversità genetica molecolare, (ii) studiato la struttura e la distribuzione del LD in linee consanguinee migliorate di mais e (iii) verificato le prospettive dei metodi di mappatura per associazione nei materiali per il miglioramento genetico. Sei gruppi di germoplasma per un totale di 497 linee elite di un programma commerciale di miglioramento genetico in Europa sono stati tipizzati mediante 81 marcatori SSR che coprivano l'intero genoma del mais. E' stato stimato il livello di LD fra i loci marcatori mediante misure diverse del LD. Nell'ambito di tutti i gruppi di germoplasma, i marcatori SSR erano altamente polimorfici e sono stati identificati quattro gruppi di linee consanguinee mediante analisi delle componenti principali e analisi cluster Bayesiana. Abbiamo individuato LD interessanti l'intero genoma fra paia di loci. Il LD fra marcatori concatenati diminuiva non solo con la distanza, ma anche con un numero minore di alleli e una minore diversità genetica. In conclusione, la mappatura per associazione mediante un'analisi estesa a tutto il genoma può essere applicata per individuare l'associazione fra marcatore e caratteri, ma il LD fra loci non concatenati probabilmente darà luogo prevalentemente a livelli elevati di falsi positivi.]