Genomics tools and comparative genomics approaches to study ripening and prolonged ripening of grape [Vitis vinifera L.; Prunus persica (L.) Batsch]

English. The ripening syndrome in climacteric and non-climacteric fruits shares several common features, as fruit softening, change in pigmentation, increased susceptibility to pathogens and accumulation of sugars. Comparisons among species displaying different ripening pattern and physiology would allow to identify common regulatory mechanisms. Digital expression combined to microarray analysis represents an efficient approach for comparative genomics. Digital expression analysis was carried out comparing ESTs isolated in our laboratory and available in public databases, from preclimacteric and climacteric peaches and grape berries at green and veraison stages. Cross-matching between peach (164) and grape (95) ripening-induced ESTs revealed that 35% of genes are in common and include members of transcription factors families as bZip and MADS-box. Considering these results, a peach microarray containing 4,806 oligos, selected from cDNAs belonging to libraries at preclimacteric and climacteric stage, has been hybridized with cDNAs obtained from freshly harvested and partially dehydrated skin berries. A number of putative genes differentially expressed during dehydration have been identified and analysed in their expression pattern

Italian. La maturazione dei frutti climaterici e non-climaterici presenta aspetti comuni, quali il rammollimento, il cambio della pigmentazione, l'aumento della sensibilità ai patogeni e l'accumulo di zuccheri. Lo studio comparato di questo processo nelle due tipologie di frutto potrebbe consentire di individuare meccanismi di regolazione condivisi. L'analisi digitale d'espressione utilizzando EST (Expressed Sequence Tags), prodotte nel nostro laboratorio ed altre disponibili in database pubblici relativi al frutto di pesco, in fase pre-climaterica e climaterica, e del frutto della vite in pre- e post-invaiatura, ha permesso di identificare geni comuni che vengono indotti durante la maturazione di entrambe le tipologie di frutto. Fra questi geni sono presenti diversi fattori di trascrizione appartenenti alle famiglie bZip e MADS-box. Partendo da queste evidenze, il primo microarray di pesco (micronPEACH 1.0), contenente 4.806 oligo, selezionato da cDNA appartenenti a librerie allo stadio pre-climaterico e climaterico, è stato ibridato con cDNA ottenuti da bacche d'uva appena raccolte e parzialmente disidratate. Un certo numero di geni putativi, espressi differenzialmente nel corso della disidratazione, è stato identificato e analizzato riguardo al pattern di espressione