Molecular identification and the complete nucleotide sequence of Tomato yellow leaf curl virus isolate from Turkey [Lycopersicon esculentum Mill.]

English. Tomato yellow leaf curl disease (TYLCD) threatens the production of tomatoes both in Turkey and in other tomato-growing areas of the world. The disease is caused by several virus species belonging to the genus Begomovirus, family Geminiviridae, that are transmitted by the whitefly Bemisia tabaci. There has been no previous information about which virus species/strains occur in tomatoes with TYLCD in Turkey. Therefore, polymerase chain reaction tests using degenerate primers were used to amplify partial sequences (579 bp) of the begomovirus coat protein gene (V1) from samples of diseased tomato plants collected from two major tomato-growing areas of Turkey (Mersin and Mugla). DNA sequence analyses of three isolates revealed high nucleotide sequence identities to isolates of Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV, 97-98%) and tentatively identified them as belonging to that species. In addition, the complete nucleotide sequence was determined for one TYLCV isolate from Mersin (TYLCV-[TR:Mer6:04]). This isolate showed high nucleotide identity (98%) to isolates from the prototype strain of TYLCV and only 92% identity to isolates of the TYLCV mild strain. A phylogenetic analysis confirmed that TYLCV-[TR:Mer6:04] belonged to the widespread prototype strain

Italian. [La malattia dell'accartocciamento fogliare giallo del pomodoro (TYLCD) rappresenta una grave avversità per la produzione del pomodoro, sia in Turchia, sia in altre aree di produzione a livello mondiale. La malattia è causata da numerose specie di virus appartenenti al genere Begomovirus, famiglia Geminiviridae, che sono trasmesse dall'aleurodide Bemisia tabaci. Non esistono informazioni riguardo alla specie/ceppo del virus presente in Turchia nei pomodori affetti da TYLCD. Perciò, sono stati utilizzati saggi di reazione a catena della polimerasi con primer degenerati per amplificare sequenze parziali (579 bp) del gene della proteina capsidica (V1) di begomovirus ottenuti da campioni di piante di pomodoro affette raccolte nelle due principali aree di coltivazione della Turchia (Mersin e Mugla). Le analisi della sequenza del DNA di tre isolati hanno messo in luce elevate identità della sequenza nucleotidica rispetto a isolati del Virus dell'accartocciamento fogliare giallo del pomodoro (TYLCV, 97-98%), identificandoli indicativamente come appartenenti a tale specie. Inoltre, è stata determinata la sequenza nucleotidica completa di un isolato di TYLCV proveniente da Mersin (TYLCV-[TR:Mer6:04]). Questo isolato ha mostrato un'elevata identità nucleotidica (98%) con gli isolati del ceppo prototipo di TYLCV e solo il 92% di identità con gli isolati del ceppo attenuato. L'analisi filogenetica ha confermato che TYLCV-[TR:Mer6:04] apparteneva al ceppo prototipo ampiamente diffuso.]